1.直接目的不同。私益诉讼与公益诉讼的根本区别在于二者的直接目的不同，前者以维护“私益”为目的，后者以维护“公益”为目的。私益是私人利益的简称，公益是公共利益的简称。传统的私益诉讼是公民、法人或其他组织认为自己的合法权益受到侵害或与他人发生争议，向法院提起诉讼，其诉讼目的是维护自身的合法权益，是为自己“私益”而诉。私益诉讼以调整个体之间利益冲突为基本对象，将诉讼完全局限于争议的相对解决或个别解决。公益诉讼的直接目的是为了维护国家利益和社会公共利益。公益诉讼可以制止某些组织或个人违法侵害国家和社会利益，保障社会成员的共同利益得以实现，并形成良好的社会秩序，从而促进社会协调、稳定地发展。
2.诉讼功能不同。私益诉讼具有事后性.是对特定主体之间已经发生的纠纷进行事后解决，以明确法律上权利、义务和责任的归属：公益诉讼除了具备诉讼的这一主要功能之外，还具有预防性，当公益可能受到侵害时也可以提起。公益之诉的一个特征是提起公益诉讼并不以公共利益的实质损害为唯一前提，在公共利益可能遭到损害时也可以提起。由于公益诉讼的最主要特征是特定的国家机关、社会组织或个人都可以根据法律的授权，代表社会起诉违法行为，以保护公共利益，维护社会秩序.所以公益诉讼是对公益的一种积极的救济方法，可以及时制止那些可能侵害公共利益的行为，做到防患于未然。
3.起诉主体和诉讼地位不同。私益诉讼的起诉主体必须是和案件本身有直接利害关系的公民、法人或其他组织，即认为其合法权益或依法由自己管理、支配的权益受到侵害或与他人发生争议：而公益诉讼的起诉主体不限于直接利害关系人.只要行为人侵害了公共利益.法律规定的起诉主体都有权起诉违法者。起诉人既可以是直接受到违法行为侵害的组织和个人，也可以是没有直接受到违法行为侵害的组织和个人。私益诉讼的起诉主体是为维护自己的合法权益而提起诉讼.在整个诉讼阶段享有完全的处分权，包括处分实体权利和诉讼权利。公益诉讼的起诉主体在诉讼中处于特殊的法律地位，表现在：起诉主体提起的公益诉讼是为了维护公共利益.而不是起诉人的“私”的利益.所以，原告不能像处分自己权利那样来处分社会公共利益.必须由法律对公益之诉起诉主体的处分权做出一定限制；法院对行为人的违法行为做出的裁决，对起诉主体并不发生效力.只对被告或代表社会利益的国家和社会公众发生效力。
4.法院在诉讼中的职权不同。公益诉讼与传统的私益诉讼的重要区别是公益诉讼涉及到众多利害关系人的利益，涉及到社会稳定.因此法院在公益诉讼中应当拥有更多的职权，行使司法权更积极，不受辩论原则的限制，例如：法官的裁判可不受当事人诉讼请求的限制；当事人自认的事实也应接受法官的审查，并不当然地成为裁判的基础：当事人不主张的事实，如事关公共利益的维护，法官也可以审理：法官还可以依职权主动调查收集证据，其查证范围并不限于当事人申请查证的范围等。当然法官在维护公益时也应当公正地行使审判权。
5.一些具体诉讼程序和制度不同。例如：（1）在举证责任分配方面。传统的私益诉讼中举证责任分配的一般规则是“谁主张.谁举证”.只有在八种特殊情况下实行举证责任倒置，即《最高人民法院关于民事诉讼证据若干问题的规定》；在有关公益诉讼中，绝大部分证据都有同一特点，即证据技术性、专业性强，而且一般为被告所掌握.原告举证比较困难。为了实现主体地位的平衡和公益诉讼的目的.建立举证责任倒置原则是极为必要的。被告对原告的主张负有举证责任，原告只需证明公共利益遭受或可能遭受侵害的事实，以及依据现有科学水平和被告掌握的技术能够防止侵害即可。（2）在生效裁判的履行机制方面。私益诉讼中一般由当事人自愿履行生效裁判确定的义务，只有在当事人能够履行而不履行的情况下才由人民法院强制执行；公益诉讼采取移交执行制度。公益诉讼涉及的受害人众多，即使裁判生效后被告自愿履行，也往往难以操作。所以公益之诉的裁判发生法律效力以后，应同刑事诉讼一样，由人民法院直接交付执行机关执行，以达到迅速制止违法行为，保护公共利益的目的。
