商、周时,属产里地。秦朝属西南夷地。
西汉为哀牢地;东汉、三国蜀汉属益州永昌郡;两晋南北朝属宁州永昌郡。隋属濮部。
唐南诏国为步日赕(今宁洱县城),属银生节度。
宋大理国为威楚府步日部。
元置普日思摩甸长官司,属元江路。
明洪武十六年(1383),普日思麽甸长官司省入车里军民府,改称普耳,万历年间改称普洱。
清初属元江府,康熙三年(1663)设元江府分防通判驻普洱,雍正七年(1729)7月,设普洱府;雍正八年(1730)7月,普洱府属迤东道(治曲靖府)。雍正十三年(1735)10月,以攸乐通判改置宁洱县,辖圆通、信成、善长、嘉会、义正五里和、普藤、勐旺、整董、勐乌、乌得五勐地及竜得、等角,为普洱府驻地。乾隆三十一年(1766)10月,普洱府属迤南道(治普洱府)。
民国二年(1913)4月,裁府留县,宁洱县更名为普洱县,迤南道更名为滇南道,普洱县为滇南道驻地;民国三年(1914)6月,滇南道改为普洱道,道署由宁洱县迁驻思茅县;因与道同名,普洱县复名为宁洱县。
民国十五年(1926),普洱道署迁回宁洱县。
民国十八年(1929)11月,废普洱道,设立云南省第二殖边督办公署,公署驻宁洱县;民国二十一年(1932)4月,宁洱县属第12政务视察区;民国二十三年(1934)4月,宁洱县属第15政务视察区;民国二十四年(1935)8月,宁洱县属第6政务视察区;民国二十七年(1938)9月,宁洱县属第8政务视察区;民国二十八年(1939)第二殖办督办公署裁撤;民国三十年(1941)6月15日,宁洱县属云南省第一区行政督察专员公署,为专署驻地;民国三十一年(1942)7月,宁洱县属第四区行政督察专员公署,为专署驻地;民国三十五年(1946)10月,宁洱县属第七区行政督察专员公署。
1949年3月11日,宁洱解放;5月10日,宁洱县临时人民政府成立。8月1日,改称宁洱县人民政府,为宁洱专区驻地。9月,宁洱哈尼族彝族自治县成立10个区、104个村、6个街人民政府。
1950年11月,宁洱县人民政府驻地由宁洱迁往磨黑。
1951年4月2日,政务院批准将宁洱专区更名为普洱专区,将宁洱县更名为普洱县,县人民政府驻宁洱镇,普洱专区驻普洱县。
1953年3月28日,政务院批准:普洱专区更名为思茅专区,驻地由普洱县迁至思茅县(1955年5月迁驻思茅)。
1955年6月,普洱县人民政府驻地从磨黑迁回宁洱。
1958年3月,普洱县通关区(面积361平方千米)划归墨江县。
1960年9月13日,国务院撤销思茅县,将原思茅县的行政区域并归普洱县(1958年11月撤并)。
1970年,思茅专区改为思茅地区,普洱县属思茅地区。
1981年5月9日国务院批复设立思茅县。
1985年6月11日国务院批复撤销普洱县,设立普洱哈尼族彝族自治县。以原普洱县的行政区域为普洱哈尼族彝族自治县的行政区域。12月15日正式成立。
2003年10月30日,国务院批准撤销思茅地区,设立地级思茅市,普洱县属地级思茅市。
2005年,普洱县撤销凤阳乡并入宁洱镇;撤销把边乡并入磨黑镇。
2007年1月21日,国务院批准普洱哈尼族彝族自治县更名为宁洱哈尼族彝族自治县。4月8日,普洱哈尼族彝族自治县正式更名为宁洱哈尼族彝族自治县。