发热、出血、肾脏损伤是流行性出血热的三大主症。从整个病程发展来说一般分为五期： 发热期（即病毒血症期）：此期三大主症即已出现，只是有轻重不同。发热是本病的必有症状，体温高低不一、热型不定，大多起病急，呈弛张热或稽留热。全身中毒症状有三痛（头痛、眼眶痛、腰痛或全身痛）及胃肠道症状（恶心、呕吐、腹痛、腹泄等），重者可有神经系统的表现。毛细血管损伤表现为三红（面红、眼红、颈胸红）并出现眼球结膜水肿呈酒醉貌。皮肤粘膜有出血点，多见于腋下、软腭、胸背、上肢、腹部、呈簇状或搔抓样，多在起病2～3天即出现，约一周消失。肾脏损伤表现为发病第1～2天即有蛋白尿，并随病程进展加重。本期一般持续3～7天。体温越高，持续时间越长病情越重。 低血压休克期：在发热末期或退热同时（一般在病后第4～7天）出现血压稍降或骤降或波动不稳。同时，组织水肿、消化道症状、出血、肾脏损伤均加重。有体温脉搏交叉现象（体温下降，脉搏反增快）。 少尿期：紧接低血压休克期出现，重者可与低血压期重叠，轻者可从发热期直接进入少尿期（一般在病程第5～8天，持续2～5天）。主要表现为急性肾功能衰竭，少尿（＜500毫升/24小时）或无尿（＜50毫升/24小时）或少尿倾向（＜1000毫升/24小时），水肿、出血倾向、消化道症状进一步加重，尿中蛋白增加，可有血尿、尿膜。此期常伴水电解质、酸碱平衡失调，氮质血症，高血容量综合征等表现。一般说少尿期越长，氮质血症越高病情越重。 多尿期：少尿期过后，尿量渐增加或突然增加，伴夜尿多。部分病人可从发热期或低血压期直接进入多尿期（一般在病后第8～15天出现）。尿量小于或等于2000毫升/24小时为移行阶段，大于2000毫升/24小时进入多尿期，大于3000毫升/24小时为多尿。移行阶段和多尿早期症状仍继续加重，后期症状及氮质血症减轻。此期持续时间长短不一，大多1～2周左右，多尿程度也不同。此期易出现水，电解质失衡及继发感染。 恢复期：尿逐步恢复正常，夜尿消失，精神、饮食好转。整个病程1～2个月。
