1941年设置惠农县时,划归惠农县。
1949年9月惠农县解放,属惠农县第八区。
1950年2月,石嘴山调整为第一区第一乡。
1957年,石嘴山镇升格为区级镇。
1958年,人民公社化,石嘴山镇与尾闸乡、下营子乡合并成立灯塔人民公社,石嘴山镇名仍保留。
1959年1月,惠农县驻迁往石嘴山镇。
1960年4月,在石嘴山组建南街、北街两个城市人民公社,石嘴山镇撤销。不久以2个城市人民公社为基础,成立了石嘴山市第一、第二2个区,区与公社合一。
1962年5月两区合并,定名为石嘴山市城区,下辖6个街道。
1963年,将6个街道调整为南街、北街、河滨街、火车站等4个街道。
1972年2月,银北地区成立。
1973年6月,石嘴山市由自治区直辖改为地区辖市,石嘴山仍为市属城区。
1975年11月,银北地区撤销,石嘴山市升格为地级市,驻地迁至大武口;此时,石嘴山城区改名为石嘴山市第二区。
1981年4月,石嘴山市第二区更名为石嘴山区。
1987年6月,撤销石嘴山市郊区成立惠农县时,原属郊区园艺乡的沿环村划入石嘴山区。石嘴山区辖南街、北街、河滨街、火车站等4个街道。
1997年,面积125平方千米,人口12.1万,辖北街、火车站、河滨、南街4个街道,区政府驻北街。
2000年,石嘴山区辖6个街道。总人口120739人,其中:育才路街道 14848 南街街道 31641 中街街道 18460 北街街道 14008 河滨街街道 29407 火车站街道 12375
2004年国务院批准撤销石嘴山区和惠农县,在其原有基础上成立惠农区,区政府驻北大街。