秦始皇三十三年（公元前214年），秦平定百越，建南海郡、桂林郡及象郡。今肇庆部分地域属桂林郡、南海郡。秦置四会县，辖区包括现四会、广宁、怀集等市县的全部或部分，隶南海郡。
汉武帝平定南越之后，在今高要、肇庆市区、高明和三水西部、云浮东部等地设置高要县。
今广东省境包括交州辖下的整个南海郡（粤中、粤东），还包括苍梧郡、和浦郡、荆州贵阳郡和扬州豫章郡的一部。其中南海郡较秦代增置3个县：揭阳、中宿（今清远）和增城。
西汉元鼎六年（公元前111年）地域内置8县，四会县隶属南海郡；广信、谢沐、高要、封阳、端溪5县隶属苍梧郡；高凉县、临允县隶合浦郡；统属交州。
东汉建安二十五年（公元220年），行政区划承西汉。三国·吴黄武五年（公元226年），建置沿东汉，大部分属广州，少部分属交州。时北部(现怀集县一带)属荆州临贺郡。
西晋太康三年（公元282年）置9县，四会县隶南海郡；广信、端溪、元溪、高要、新宁、临允6县隶苍梧郡；谢沐、封阳隶临贺郡；统属广州。
东晋永和七年（公元351年），置16县，分隶4郡，统属广州。四会县、怀化县隶南海郡；广信县、高要县隶苍梧郡；元溪、端溪、封兴、都城、晋化、龙乡、夫阮7县隶晋康郡；临允、新兴、南兴、单牒、平兴5县隶新宁郡。
南北朝时期（公元420～479年），设置高要、广信、封兴、武化、端溪、晋化、都城、乐城、悦城、夫阮、安遂、宾江、文招、南兴、新兴、临允、甘东、单牒、龙潭、抚纳、博林、威平、新招、化蒙、化穆、四会、怀集、化注、平兴、初宁、招兴、建宁、崇化、熙穆、崇德、谢沐、开建、永固38县，分隶南海、苍梧、晋康、新宁、绥建、宋隆、临庆7郡，分属广州、湘州。公元479～502年增设龙乡、罗平、永熙、宾化、宁乡、长化、定昌、宝宁、齐安、初宁、永城11县及广熙、齐安、齐建、临贺4郡，分属广州、湘州。公元502～589年设54县，分属广州、成州、建州、新州、泷州；梁天监六年（公元507年）九月，升高要县为高要郡，并置广州都督府于高要郡。
陈霸先任西江督护、高要太守期间，于公元557年建立了陈朝。陈时广州都督府仍治高要。
隋开皇九年（公元589年）省高要郡为县，置端州，领高要、端溪、平兴、乐城、清泰5县。隋大业三年（公元607年），改端州为信安郡。时肇庆境域设17县，分隶5郡：四会、化蒙、怀集3县隶南海郡；高要、端溪、乐
城、平兴、新兴、博林、铜陵7县隶信安郡；泷水、安遂、永熙3县隶永熙郡；封川县、都城县隶苍梧郡；洊安县、开建县隶熙平郡；分属广州、连州、端州、泷州、封州。
唐开元二十九年（公元741年），设20县，分隶7州：四会、怀集、化蒙、洊安4县隶广州；端溪、晋康、悦城、都城4县隶康州；泷水、开阳、镇南、建水4县隶泷州；高要县、平兴县隶端州；新兴县、永顺县隶新州；封川县、开建县隶封州；富林县、铜陵县隶勤州。
南汉乾和十五年（公元957年），设20县，分隶1府6州：四会、怀集、化蒙、洊水4县隶兴王府。
北宋政和元年（公元年），设8县，分隶1军4州：高要县、四会县隶兴庆军；怀集县隶广州；封川县、开建县隶封州；新兴县隶新州；端溪县、泷水县隶康州；统属广南东路。重和元年（公元1118年），宋徽宗赐兴庆军为肇庆府，仍辖高要、四会2县。
宋重和元年（公元1118年），宋徽宗赵佶因即位前曾封端王，故亲赐御书，将端州改为肇庆，意为“喜庆吉祥之始”，肇庆之名自此沿用至今，元为路治，明、清为府治。
元至元十七年（公元1280年）改肇庆府为肇庆路，置总管府，隶广西道（二十九年改隶广东道）。至顺元年（公元1330年)设7县，隶2路2州：端溪县、泷水县隶德庆路；高要县、四会县隶肇庆路 ；封川县、开建县隶封州 ；新兴县隶新州 ；统属江西等处行中书省。元至元十五年（公元1278年）怀集县改属湖广等处行中书省贺州；至正二十三年（公元1363年）属广西行中书省之贺州。
明洪武元年（公元1368年），复称肇庆府，隶广东布政使司。肇庆府领5县1州：高要、四会、新兴、阳春、阳江及德庆州。成化十一年（公元1475年）析高要地置高明县；十四年置恩平县。嘉靖五年（公元1526年）析高要东境部分置三水县；嘉靖三十八年析四会地置广宁县。万历五年（公元
1577年）升泷水县为罗定州(领东安县、西宁县)，直隶广东布政使司。至此，肇庆府领：德庆州、高要、四会、新兴、阳江、阳春、广宁、高明、恩平等1州8县。时怀集县属广西梧州府。
明嘉靖四十三年（1564年），两广总督府从广西梧州移驻肇庆，直到清乾隆十一年（1746年）才迁往广州，历时182年。1646年，朱由榔以肇庆府署为行宫，即位称帝，改称永历，在肇庆组织军民抗清。
清初沿明制。肇庆府为广肇罗道治所，隶广东省。顺治六年(公元1649年）置开平县；雍正九年（公元1731年）置鹤山县，时肇庆府领德庆州及高要、四会、新兴、高明、广宁、开平、鹤山、封川、开建、阳江、阳春、恩平等12县。同治九年（公元1870年），阳江县升直隶厅，割领阳春县、恩平县。光绪三十四年（公元1908年）怀集县由梧州府改隶平乐府信都厅。
清代在省与府之间设道，如分巡肇罗道、分巡肇阳罗道、分巡广肇罗道等，道台多设在肇庆。
1912年以后，先后设肇罗军政分府、肇阳罗镇守使署、西北军绥靖委员行署等于肇庆；1936年，设置广东省第二行政督察专员公署，辖12个县。
中华人民共和国成立后，肇庆一直是高要县、肇庆市人民政府和肇庆地区行政公署的驻地。
1988年3月，肇庆改为省辖市，辖端州、鼎湖两区和高要、广宁、四会、新兴、罗定、云浮、德庆、郁南、封开、怀集10县。
1992年12月，经肇庆市人民政府同意，设立大旺综合经济开发区（简称大旺区），赋予相当于县一级行政、经济管理职能，保留广东省国营大旺华侨农场的牌子，实行两块牌子一套班子。
1994年4月5日，经国务院批准设立地级云浮市，云浮、罗定、郁南、新兴等四个县级建制从肇庆市辖区划出，另外成立云浮市。
1998年4月，经省政府批准，肇庆高新技术产业开发区在三榕港成立，为省级高新技术产业开发区。2000年8月，肇庆市人民政府赋予高新区管委会行使市一级有关经济管理权限。
2001年11月，经省政府批准，肇庆高新技术产业开发区扩园迁址至大旺区，与大旺区、华侨农场合署，实行“一区两园”的发展模式。
2015年4月，国务院批复同意撤销广东省肇庆市下辖的县级市高要市，设立肇庆市高要区，相关的行政区域界线、政府驻地均未做调整。
到2015年4月为止，肇庆实辖端州、鼎湖、高要3个市辖区，广宁、德庆、封开、怀集4个县及肇庆国家高新技术产业开发区（含大旺区），代管四会市。
名称由来
肇庆古称端州，乃中国四大名砚之首端砚的产地。肇庆之名的由来，全因为宋徽宗。——端王登上皇帝宝座，亲笔御书“肇庆府”三字，肇庆之名至今沿用。
