民国时设区乡,1928年属应山县西四区,1931年属第四区,1942年分为宋家乡、余界乡、徐家乡。
1947年划为正义乡,1948年称余店乡。
1949年设立余店区,下辖合作、三清、白鹤、金盘、横山、仁和、青龙、马安、黑河、界河、石门、森林、徐店、关寨、兴隆、九里、分水、莲花、天子、铁城、古井、大山等22个乡。
1953年改余店区为应山县八区。
1955年以上乡分别合并为马安、合作、界河、徐店、兴隆、天子、关庙第7个乡。
1958年改余店区为七一公社。
1961年恢复余店区(1966年改为七一区,1968年改余店区),下辖7个公社。
1975年撤区并社,分设余店、兴隆、关庙3个公社,下辖合作、马安、界河、兴隆、徐店5个管理区。
1984年设区建乡,余店区下辖西余店镇(原合作管理区)和界河、兴隆、徐店、马安四乡。
1987年撤区建乡,分为余店镇(下辖合作、马安、界河三个管理区)、兴隆乡(下辖徐店、兴隆两个管理区)。
1995年3月,由合作管理区分出余店管理区。
1996年,余店镇面积130平方千米,人口3.8万人,辖菜园、金盘、白鹤、双楼、墩子、银珠、西横山、金庄、王家冲、卢畈、古井、古城、邓畈、徐园、唐寨、黄土包、九岭、张陈塆、深冲、小山坳、苏氏祠、长河、大坡岭、凉水沟、张家桥、封江、横冲、界河、宋家岭、易家沟、回龙、森林32个行政村和界河1个居委会;兴隆乡面积89平方千米,人口2.5万人,辖姜岭、分水、李园、豹岭、杨畈、兴隆、枣林、卢庙、西九里、林寨、新庙岭、檀树岗、东岳庙、段河、关寨、杨榨、杨岭、卢河、徐家店、新塆20个行政村和兴隆居委会。>2002年12月撤销各管理区。2004年,余店镇面积130平方千米,人口40332人,镇政府驻余店,辖余店、红光、唐寨、竹林、白雀、金盘、英姿寨、银珠、双楼、横山、古城、墩子、九岭山、青龙、双河、朝阳、马安、张氏祠、界河、丰林、杨岭、五一22个行政村;兴隆乡面积109平方千米,人口26853人,乡政府驻兴隆,辖分水、李园、豹岭、兴隆、枣林、卢庙、先觉庙、九里、林寨、徐店、东方、段河、关寨、杨岭、芦河、新湾17个行政村。
2005年4月,撤销兴隆乡,并入余店镇,镇政府驻余店,辖余店1个居委会和兴隆、红光、唐寨、竹林、白雀、金盘、英姿寨、银珠、双楼、横山、古城、墩子、九岭山、青龙、双河、朝阳、马安、张氏祠、界河、丰林、杨岭、五一、分水、李园、豹岭、兴隆、枣林、卢庙、先觉庙、九里、林寨、徐店、东方、段河、关寨、杨岭、芦河、新湾38个行政村。余店片辖余店、金盘、卢畈、白雀、王家冲、唐寨6个村;马安片辖双河、青龙、马安、九岭山、小山坳5个村;界河片辖宋家岭、张氏祠、界河、五一、丰林5个村;合作片辖银珠、横山、双楼、墩子、古城、英姿寨6个村;兴隆片辖分水、李园、枣林、豹子岭、兴隆街、兴隆、芦庙、九里、林寨9个村;徐店片辖新湾、段河、徐店、卢河、关寨、东方、杨岭、先觉庙8个村。