隋唐时期,室韦就成为呼伦贝尔部分部落驻地,唐代曾设室韦都督府进行管辖。
1206年,是成吉思汗的二弟合撒儿的领地,黑山头古城就是他们居住的主要城池。
清世宗雍正五年(1727年)清朝政府在额尔古纳河流域设置了“卡伦”,管理边务和内政一直延续到民国
民国九年(1920年)建室韦县和奇乾设治局,民国十年(1921年)设奇乾设治局为奇乾县。
民国二十二年(1933年),伪满洲国改室韦县和奇乾县为额尔古纳左翼旗和额尔古纳右翼旗。
民国三十七年(1948年)合为额尔古纳旗,人民政府设在三河镇。
1966年1月经国务院批准,撤消额尔古纳旗,分设左右两旗,并将1961年划给陈巴尔虎旗的三河、上库力、拉布达林划回额尔古纳右旗。
1975年旗政府迁至拉布大林。
1994年,国务院同意撤销额尔古纳右旗,设立额尔古纳市(县级),以原额尔古纳右旗的行政区域为额尔古纳市的行政区域。
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