菊花幼茎色嫩绿或带褐色，被灰色柔毛或绒毛。花后茎大都枯死。次年春季由地下茎发生孽芽。 菊花叶系单叶互生，叶柄长1-2厘米，柄下两侧有托叶或退化，叶卵形至长圆形，边缘有缺刻及锯齿。
叶的形态因品种而异，可分正叶、深刻正叶、长叶、深刻长叶、圆叶、葵叶、蓬叶和船叶等8类。 菊花的花（头状花序），生于枝顶，径约2-30厘米，花序外由绿色范片构成花苞。
花序上着两种形式的花：一为简状花，俗称"花心"，花冠连成简状，为两性花，中心生一雌蕊，柱头2裂，子房下位1室，围绕花住主5孜聚药雄蕊；另一为舌状花，生于花序边缘，俗称"花瓣"，花内雄蕊退化，雌蕊1枚。舌状花多形大色艳，形状分平、匙、管、桂、畸等5类。瘦果（一般称为"种子"）长1-3毫米，宽0.9-1.2毫米，上端稍尖，呈扁平楔形，表面有纵棱纹，褐色，果内结一粒无胚乳的种子，果实翌年1-2月成熟，千粒重约1克。
菊花品种具有极大多样性，分类工作者们探讨菊花的原祖。或认为野菊是菊花的原始祖先，或认为甘菊是原祖，或认为它的原祖是小红菊，或者开出一系列的可能的原祖名单。中国科学工作者有的还进行过属间杂交实验，在探讨菊花真源方面做了一些推测性和实验性工作。无论推测和实验，都是试图把菊花的来源落实于该属的某一个或某两个种上，并且试图指出，在这些浩瀚的品种中，哪一个品种最为原始，即是说，想找出最原始的菊花品种。
菊花头状花序顶生或腋生，一朵或数朵簇生。舌状花为雌花，筒状花为两性花。舌状花分为下、匙、管、畸四类，色彩丰富，有红、黄、白、墨、紫、绿、橙、粉、棕、雪青、淡绿等。筒状花发展成为具各种色彩的“托桂瓣”，花色有红、黄、白、紫、绿、粉红、复色、间色等色系。
花序大小和形状各有不同，有单瓣，有重瓣；有扁形，有球形；有长絮，有短絮，有平絮和卷絮；有空心和实心；有挺直的和下垂的，式样繁多，品种复杂。
瘦果（一般称为“种子”）长1～3毫米，宽0．9～1．2毫米，上端稍尖，呈扁平楔形，表面有纵棱纹，褐色，果内结一粒无胚乳的种子，果实翌年1～2月成熟，千粒重约1克。秋菊9～10月，夏菊4-6月。
