在西方新制度学派产生以前，马克思就已经在前人研究成果的基础上，对企业的起源问题进行了科学的分析和阐述，得出了符合经济发展规律和逻辑关系的结论。
马克思在《资本论》中指出，企业的起源在组织形式上，首先是与简单协作相联系的。当时，由于商品流通的发展和对商品需求的增长，个体小生产在生产上的局限性，导致了简单协作这种联合生产的最初形式的产生。在简单协作这种联合生产的情况下，互不依赖的单个劳动转化为一个结合的社会劳动，对生产力的发展起着巨大的推动作用，或者说“创造了一种生产力"。协作扩大了劳动的空间范围；减少了生产一定效用所必要的劳动时间；由于许多人的同时作业具有连续性和多面性，激发了个人的竞争心；生产资料由于共同使用而得到节约。
简单协作同单个人的个体生产相比，对生产力的发展起到了巨大的推动作用。但是，这种没有分工的简单协作对生产力的推动作用毕竟是有限的。为了适应不断扩大的市场需求，进一步提高劳动生产率，以分工协作为特征的工场手工业以其巨大的经济性取代了简单协作。虽然工场手工业在技术条件上与简单协作没有根本区别，但从劳动过程来讲，以分工为基础的协作的展开，具有巨大的优越性。这种优越性表现在生产的进一步社会化，使生产力的两个要素也发生了巨大的变化：一方面，劳动的专业化使劳动者只从事局部劳动，他的片面性手艺迅速熟练和提高；另一方面，工具的专业化不仅提高了劳动生产率，而且为手工工具过渡到机器生产准备了技术条件。运用专门化工具的局部的专业化的劳动者基于技术性质的有分工的协作提高了企业的效率，创造了更高的劳动生产率。
因此，工场手工业阶段创造的生产力无疑大于简单协作时期。马克思从九个方面论述了分工协作对提高劳动生产率的作用：一是分工协作可以使相互间的劳动差别抵消，形成社会平均的劳动；二是分工协作可以使生产资料因共同使用而得到节约；三是分工协作不仅提高了个人生产力，而且创造了集体力；四是分工协作引起竞争心和特有的精力振奋，从而提高了个人工作效率；五是分工协作可以使许多人的同种作业具有连续性，从而提高劳动效率；六是分工协作可以同时从多方面对劳动对象进行加工，从而缩小工时；七是分工协作可以集中力量在短时期内完成紧急任务；八是分工协作可以扩大劳动的空间范围，使筑路等大型工作得以进行；九是分工协作可以集中劳动力以缩小生产场地，从而节约非生产费用。
以分工协作为基础的工场手工业作为企业的典型形式取代了没有分工的简单协作这个企业的萌芽形式，进一步推动了社会生产力的发展。但是，由于工场手工业仍然属于手工技术，其狭隘的技术基础所提供的生产力和它本身创造出来的市场需求必然发生矛盾，这就要求社会生产力进一步发展，从而导致了以机器大工业为基础的工厂制的出现。工厂制以机器协作为特征，大大扩张了企业规模，从而迅速提高了劳动生产率。
通过上述分析可以看到，作为生产组织的企业的产生及其演变的深刻的根源在于，劳动生产率的提高和社会生产力的发展。西方主流经济学即新古典经济学把亚当·斯密关于经济可以通过市场和价格体系实现协调的命题形式化，是一门专门研究市场机制运作的经济理论。新古典经济学把企业的存在作为一个既定前提而置于研究的视野之外。
西方新制度学派拓展了新古典经济学的研究视野，探讨了企业的起源问题。新制度经济学在研究企业起源问题时，首先把矛头对准了马克思，否认分工协作关系对企业产生的重要作用。该学派认为，分工导致企业产生的说法不够充分有力，因为传统经济学已经证明了价格机制在配置资源方面的有效性，这将同样适用于证明价格机制在处理分工方面的有效性。既然市场与企业都可以有效地组织劳动分工，那么分工就不能被认为是企业出现的原因。
西方新制度学派在否定了马克思的企业起源理论的同时，提出了自己的企业起源理论。新制度经济学自称通过引入交易费用概念，第一次成功地把组织（企业）和费用相联系，来说明企业在一个专业化的交换经济中出现的原因。科斯在《企业的性质》一文中指出，在专业化的交换经济中，企业出现的原因是：市场的运行是有成本的，通过形成一个组织，并允许某一个权威（一个企业家）来支配资源，就能节约某些市场运行成本。当通过一个组织能够在市场外以更低的成本实现同样的交易时，企业就产生了。新制度经济学用交易费用解释企业起源的思想，虽然对原有的企业起源理论提供了某种补充，但从总体上说是不科学的。因为它过分夸大了节约交易费用对企业产生的作用，从根本上否定了提高劳动生产率是企业产生的根本原因。新制度学派单纯用交易费用解释企业的起源，主要原因是，他们把企业看作是一个交易单位，认为企业的主要功能是把若干要素所有者组成一个可代替价格机制功能的单位来参加市场交易，以降低交易费用。在这里，新制度学派颠倒了主次关系。企业具有交易功能，这是不可否认的，但是企业的主要功能是组织生产，向社会提供产品或服务，这是企业区别于其他社会组织和消费者的主要标志，也是企业区别于市场的主要标志。现代企业的发展，虽然在一定程度上意味着企业家把原来属于市场的部分功能内部化了，但是这种内部化是服从于企业的生产功能的。由于新制度学派抛开了企业的生产功能，忽视了企业所带来的协作上的生产效应，没有看到企业相对于分散的原子型单位会带来生产费用的节约和劳动生产率的提高，导致了他们把节约交易费用看作是企业产生和存在的唯一原因。
新制度学派将节约交易费用作为企业产生的唯一原因，使其理论陷入了困境：
1.企业是为了节约交易费用而产生的，那么为什么企业偏要节约商品的交易费用，而不节约商品的生产费用?甚至不惜增加商品的生产费用呢?这是新制度学派无法解释的。（规模化生产是节约生产费用的唯一途径，但规模化生产不是制度经济学中企业的概念，制度经济学的企业概念是一个产权问题）
2.新制度学派在发达的市场经济条件下提出为什么要组织企业，在这种条件下可以假定企业和市场可以互相代替。但是从历史上看，决不是先有发达的市场经济后才有企业。按照新制度学派的理论，只有企业内部交易费用小于市场交易费用时，企业才产生。这意味着市场曾经是没有企业存在的市场。那么，第一个创建企业的人在无从比较的情况下，怎么知道企业内部的交易费用比市场交易费用低呢?怎么想到要去创建企业来减少交易费用呢?这也是新制度学派无法回答的。（这个观点逻辑上不成立，第一个企业不一定要知道企业的交易费用比市场交易费用低，可能的情况是它觉得市场交易费用太高了，于是尝试去降低交易费用，组建企业是尝试手段之一。）
3.企业作为市场的替代物而产生，企业的产生意味着市场的部分交易内化到了企业，企业与市场存在着此长彼消的关系，这是与事实不符的。事实上，随着企业的产生和发展，不仅市场的交易从总量上没有减少，反而使市场的疆域扩大了。这说明企业和市场不是相互替代的关系，而是共生共荣、相互促进的关系。（这里的替代从逻辑上来讲并不一定导致此消彼长，相互替代后可能的情况是二者力量都更加得到强化）
比较马克思与西方新制度学派的企业起源理论可以看出，马克思的企业起源理论要比西方新制度学派的企业起源理论更符合实际，更深刻。
