虽然社会资本理论具有强大的解释力，但社会资本理论也有其自身无法解决的困境。
1．外部困境：现代越来越个体化的社会使得社会资本的形成愈加困难现代社会随着市场经济的发展，人们的行为越来越理性化（功利化），使得人际关系趋于淡漠，人们之间的各种关系大都建立在能否获利的基础上。在这种情况下，集体、团体、社会、国家的利益就难以得到保障。宏观层次的社会资本就难以实现。
在现代社会中，人们由原来联系较为紧密的血缘集体中，正在转移到高度集中化的和越来越城市化的国家集体中。随着这种转移，单个人就越来越脱离了原先密切的、地域性的血缘和庇护群体。在庞大的、高度集中和不断城市化的国家里，单个人在越来越高的程度上依靠自己谋生立业。“人们拥有了更大的选择空间，可以在更大的程度上为自己做出决断。”
此外，个人也越来越多的占有着可供支配的、可利用的资源，人们不愿建立社会资本；当然，现代社会中人们的流动增加也使得人们不愿在某个地方对社会资本做过多的投资，人们只是在必要时才对社会资本进行短期的、功利性的投资。
总之，现代越来越个体化的社会使得社会资本的形成非常困难，这是社会资本理论的外部困境。
2．自身困境：用经济学概念来解释人的社会行为和社会关系社会资本概念来自经济学，而经济学大都是从是否获利或是否增值的角度来谈论资本。因此引入社会资本以后，人们仍然会在这样的意义上来使用社会资本，这在微观层面上是比较普遍的。微观社会资本经常被用来指能为行动者带来收益的、持续稳定的一种社会关系，它强调的是个体对有意投资的关系资源的利用。
经过社会资本概念的拓展，虽然社会资本不再仅指能为行动者带来收益的、持续稳定的一种社会关系，它甚至上升到了社会规范、文化、信任及社群、团体发展的层面上，但是这样一个来自经济学的概念总会关注社会资本的经济功能。从现有的文献的题目与主题上来看，大多数关注社会资本与经济发展之间的关系，虽然社会资本的含义已经超越了钱与物的范围，但人们还是把它们紧紧联系在一起。
总体来说，社会资本是用经济学的概念来解释人的社会行为与社会关系，有其自身所无法克服的困境。
