制度分析的整体主义方法论尽管有启发性，但同样不能成为理解制度变迁整体过程的科学方法，这是因为：
其一，制度整体主义者声称：社会整体大于其部分之和。这一点表明，他们意识到个人主义方法论从个体相加推演出整体性质是过于简单的做法，并主张超越个体来认识社会整体，这无疑有其合理的一面。但问题是“社会整体”不是一个抽象范畴，在不同的历史发展阶段，社会整体有不同的性质，而“整体大于部分之和”的说法还仅仅停留在对事物“量”的和“技术”关系的现象描述上，它不能引导人们进一步去认识个体相加后形成的整体所具有的独立性质是什么、这种性质由什么决定的等本质关系问题，所以，它实质上仍然是一个空洞的命题。老制度经济学试图用超越个体性质的“制度”整体来说明整体与个体的关系，但在方法论上却无法对影响人类行为的“制度整体”做出合理的抽象和科学定义，这使得他们对“整体”的分析只能停留在表层上，无法揭示制度关系的本质。比如在凡勃伦那里，制度被定义为习俗、惯例、文化等各种因素；而康芒斯则有时将制度定义为习俗、法律及家庭、公司、工会等“运行机构”；有时从个人行为与集体行为关系的角度，把制度定义为“集体行动控制个体行动”。显然，他们这里的制度概念基本属于马克思所指的上层建筑领域的内容，它们不是社会整体构成的全部，也不能通过对这些“制度”内容的分析来揭示社会经济关系的本质。
其二，制度整体主义者声称：社会整体显著地制约个体行为。这一点表明了制度整体主义方法论的重要特征，他们试图通过强调个人行为是社会制度环境的产物，来克服个人主义方法论否认“制度力量（包括社会规则和道德规范等）在形成个人偏好和目的中的作用”的片面性观点。但问题在于整体主义方法论在批判个人主义方法论的同时，自己又走向了另一个极端，即把个人行为仅仅看作是既定的环境、习惯和规范等制度约束的结果，认为人类行为很大程度上是根据其日常生活的固定模式建立的、更为特殊的习惯和常规问题，这就否定了个人行动在历史发展和经济活动中的能动作用和基础地位，从而无法科学揭示个人行动与社会发展之间的辩证关系。
其三，制度整体主义声称：个人行为应该根据社会系统或历史的法律、文化等来演绎。如果说前两点纲领是从方法论一般意义上来说明整体主义的特征，那么，这一点则被看作是前两点纲领在“制度”分析应用中的进一步具体描述，也是对个人主义方法论忽略制度因素的更具体的批判，但它在方法论内容上除了要突出用动态观点来演绎个体行为外，没有更多的新思想。然而，这种动态演绎的方法论也有很明显的局限性，主要表现为他们的动态方法是“社会进化论”方法。这种方法虽然在克服个人主义方法论的静态观和非历史观方面有进步性，但它把人类社会的发展过程等同于自然界的进化过程，并以此来解释个人行为，显然是不科学的。如凡勃伦运用“进化论”的观点，认为阶级的产生与转换不是由生产资料所有制决定的，而是由人的思维习惯、真善美意识导致的，即阶级的产生是习惯转变的结果，占有财产只是为了满足虚荣心和自尊心这种心理反应，并把资本主义的基本矛盾归结为“机器利用”和“企业经营”的矛盾，认为解决资本主义经济制度矛盾的方法就是让科学技术人员掌握经济控制权，这实质上是“庸俗进化论”观点。此外，在具体方法上，整体主义方法论在强调整体论的同时，却找不到整体与个体的内在联系机制，这必然导致其方法走向与个人主义方法相反的另一个极端。
