春秋时与楚、邓等国交往频繁，对鄂西、川东的开发有重要贡献。
周慎靓王五年（前316 年）并于秦，以其地为巴郡。族人在川境的，部分称板楯蛮；南移到今湘西的构成武陵蛮的一部分；先后移到今鄂东的，东汉时称为江夏蛮，两晋、南北朝时称五水蛮。
东汉建安六年（公元201 年）改固陵郡置。治所在鱼复（复）（今重庆市奉节县东，三国蜀汉改永安，晋复名鱼复）。辖境相当于今四川开县、万县以东，巫山西部以西的长江南北和大宁河中上游一带。刘璋分巴郡置巴东属国。治所在涪陵（今四川彭水）。辖境相当今四川东南部的黔江、彭水、武隆、酉阳等县地。建安末刘备改其为涪陵郡。
隋开皇初废郡，隋大业时又曾改信州为巴东郡。地控三峡之险，三国时为蜀汉东部门户，有重兵屯守于此，隋开皇十八年（公元598年）置巴东县。
唐武德二年（公元619年）置归州，辖秭归、巴东二县，治所在秭归。天宝元年（公元742年）改置巴东郡、治秭归。乾元年（公元758年）复置归州。
宋代仍名归州。元至元十四年（1277年）升为归州路，隶湖广行中书省，十六年（1380年）降为州。
明洪武九年（1376年）废归州置秭归县，此时巴东县隶夷陵州（治所在夷陵，即宜昌）。十三年（1380年）复置归州，辖兴山、巴东二县。
清顺治五年（1648年），改“夷陵”为“彝陵”。雍正七年（1729年）升归州为直隶州，辖长阳、兴山、巴东、恩施四县及容美、龙潭19个土司。雍正十三年（1735年），升彝陵州为宜昌府，改彝陵县为东湖县并为宜昌府治所，领东湖、兴山、巴东、长阳、长乐5县及归州、鹤峰2州，隶属荆宜施道。归州降为县级州，此时巴东县隶宜昌府。
民国初年废府、州建制，实行省、道、县三级制。
1912年巴东县属荆南道。在第二次国内革命战争时期的1928年至1932年，贺龙创建湘鄂西苏区湘鄂边根据地、归（秭归）兴（山）巴（东）根据地、荆（门）当（阳）远（安）根据地，洪湖根据地等，巴东县是革命老区。
1932年，巴东县从宜昌行政督察区划入恩施行政督察区，恩施地区始为8县之治。
1949年属恩施专区，1970年属恩施地区，1983年属鄂西土家族苗族自治州（治所在恩施）。
1985年筹备建立三峡省，巴东县是三峡省（筹）的行政区划范围。
1986年放弃三峡省筹备，仍属湖北省鄂西自治州。
1993年属恩施土家族苗族自治州。
新中国建国后，巴东县辖： 信陵镇、东壤口镇、平阳坝镇、沿渡河镇、官渡口镇、茶店子镇、绿葱坡镇、大支坪镇野三关镇、清太坪镇、杨柳池镇、溪丘湾乡、堆子场乡、罗溪坝乡、火峰乡、楠木园乡、安居乡、税家乡、枣子坪乡、马眠塘乡、鼓楼乡、白沙坪乡、长岭乡、泗淌乡、金果坪乡、泗井水乡。
至2014年止，辖信陵、东壤口、沿渡河、官渡河、茶店子、绿葱坡、大支坪、野三关、清太平、水布垭10镇，溪丘湾、金果坪2乡。居民委员会13个，村民委员会480个。
