商周为古濮国、巴国属地。秦属巴郡。
汉初为涪陵县地。西汉武帝建元元年（前140年），在梁州巴郡置涪陵县。元封五年（前106年），改梁州为益州，属益州刺史部。东汉献帝建安六年（201年），析涪陵县置涪陵、永宁、 丹兴、汉葭四县。丹兴县治设于今城东街道南海城居委（古称楠木坪）。
三国沿用丹兴县名。蜀汉延熙十二年（249年），涪陵人徐巨杀都尉反，后主遣大将邓芝征讨，徐巨战死。事后，徙徐、蔺、谢、范等数千家于成都。
西晋，武帝咸宁六年（公元280年），实行州郡县三级制，涪陵郡下设涪陵、汉葭、汉夏、汉平等四县，丹兴废，其地入涪陵、汉夏二县。西晋光熙元年（306年），今酉、秀、黔、彭等地“没于蛮僚“，历宋、齐、梁、魏、周等250余年。
南北朝时期，北周武帝保定四年（564年），涪陵少数民族首领田思鹤“以地内附“，归顺中原王朝，在彭水置奉州。
隋朝，文帝开皇五年（585年），置石城县，兼置庸州。炀帝大业三年（607年），废庸州，石城县隶属巴东郡。
唐朝，高祖武德元年（618年），石城县改属黔州，其县治移无慈城。后改黔州为黔中郡，辖彭水、洪杜、洋水、永宁和石城5县。太宗贞观四年（630年），治所迁回楠木坪。玄宗天宝元年（742年），改名黔江，属黔安郡（黔州）。
五代十国时期，黔江属黔州。后唐长兴五年（935年），孟知祥据蜀，黔州地属之。
南宋，理宗绍定元年（1228年），黔州升为绍庆府，黔江县隶属于绍庆府。
元代，世祖至元二十二年（1285年），明玉珍据川，称帝10年，黔江县为其属地。
明朝，太祖洪武五年（1372年），蓝玉征黔，省黔江入彭水县。洪武十一年（1378年），蓝玉再次征黔，驻官兵1216名，置黔江守御千户所。洪武十四年（1381年），复置黔江县。黔江守御千户所隶四川都司所属的重庆卫，持续275年。
清初，黔江县属重庆府。康熙元年（1662年），改黔江守御千户所为黔彭营，镇守黔江、彭水等县，兼辖酉阳、石耶、平茶、邑梅五土司。雍正四年（1726年），改黔江县为黔江厅。雍正十二年（1734年），含彭水县升为黔彭直隶厅。雍正十三年（1735年），酉阳土司“改土归流“后，置酉阳直隶州，废黔彭直隶厅，复置黔江县，属酉阳直隶州。宣统三年（1911年）11月13日，黔江“反正“，成立军政府。
民国成立后，废府、州、厅，黔江直属省。四川“防区制“时期，黔江属刘湘防区。
民国24年（1935年），属四川省第八行政督察专员公署（酉阳专署）。
民国34年（1945年）10月，设立川黔湘鄂边区绥靖公署，绥署驻黔江。
中华人民共和国成立后，于1949年11月25日成立黔江县人民政府，隶属川东行政专区。
1950年1月23日，置酉阳专区，领酉阳、秀山、黔江3县。
1952年9月，酉阳专区并入涪陵专区，黔江随之属涪陵专区。
1983年11月，经国务院批准，撤销黔江县，建立黔江土家族苗族自治县。
1988年5月18日，经国务院批准成立四川省黔江地区，辖石柱县、彭水县、黔江县、酉阳县、秀山县。
1998年，改置重庆市黔江开发区。2000年6月，撤销重庆市黔江开发区、黔江自治县，设立重庆市黔江区，行政正厅（局）级。
