元世祖至元十一年(1274年),元朝统治西藏后,由吐蕃等路宣慰使司都元帅府管辖。
明代,永乐年间类乌齐寺的主持被封为国师,管理此地。
清代,曾设恩达县。
清雍正四年(1726年),设类乌齐宗。
民国七年(1918年),噶厦政府直接派驻“拉尼”和一个“代本”的军队,形成以噶举派为主,政教合一的政权机构。
1950年,前类乌齐宗管辖六大“本布”区域,区域的百姓直属类乌齐三大札仓领有。
1959年,时将六大本布中的“嘎玛格若达那本”和“莫冬冷曲林本”的区域划归昌都县。
1960年,成立类乌齐县人民政府,县驻地设在类乌齐镇。
1962年,新建巴夏区。
1964年,将玛利区划归洛隆县管辖。
1972年,县政府驻地迁至桑多区,同年新建类乌齐区。
2014年11月,昌都撤地设市,此县为昌都市辖县至今。
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