芒康县境内虽未经考察研究早期人类活动的情况，但周围地区、县挖掘出的遗址、墓葬情况看，芒康境内很早就有人类的活动。
1977年昌都卡若遗址的发现，表明早在“新石器时代”在澜沧江沿线就有人类活动。
芒康县相邻的云南德钦和四川巴塘1974年发掘的共32座石板墓的葬品和文物上看，都属于战国至秦汉之际的墓葬，说明战国至秦汉时期，在澜沧江、金沙江流域就有人类活动。从地理位置上分析，芒康周边都有古代遗址墓葬，可以推断，芒康境内自古就有人类活动，也就是战国以前芒康土著居民在金沙江、澜沧江沿线活动。
芒康县历代归属
三国两晋南北朝时期，芒康县境内是土著居民和古代羌族部落的混杂区；
隋朝时芒康境内属于白狼国；
唐朝时期，吐蕃三十三代赞普松赞干布统一了西藏（公元617年）以后，芒康境内被吐蕃占领；此时期以后，由于弘扬佛法，创立寺庙和吐蕃流官管理，藏传佛教随着政治力量的深入而得于人心。吐蕃与芒康境内诸部落和土著居民融合为同一个民族——藏族，现芒康的藏族因此延续下来。这一时期芒康境内开通了“茶马古道”，芒康随之成为吐蕃东南部对外政治、经济、文化等交流的重要窗口。也成为历代兵家必争之地。
元朝时，芒康属于吐蕃等路宣尉使可都元府管辖，后为亦思马甘乐万府地；
明洪武五年（1372年）至正德三年（1508年），芒康为招讨磨尔勘（茫康）万户刺宗（巴塘）管辖。正德四年（1509年），云南丽江纳西民族占领芒康大部分地区，芒康成为纳西民族的占领区。明崇祯十五年（1639年），芒康成为蒙古和硕特固始汗的控制范围；
清顺治五年（1648年）至康熙四年始（1665年）芒康境内又归属于西藏统治。康熙五十五年至五十九年（1716—1720年），内蒙古准噶尔部占领芒康，尔后清廷自青海、四川、云南派兵三路进攻西藏，平定了西藏的动乱，芒康境内归属于巴塘管辖。雍正四年（1726年），芒康境内招募为四川管辖。光绪三十一年（1905年）三月发生了马巴唐事件，，开始“改土归流”，随后清廷勘定川、滇、藏界，芒康境内的东、南部建立碑，此碑以东为四川管辖，以西隶属西藏，芒康为台吉地。宣统三年（1911年）在芒康设立了江卡委员会；
中华民国于1911年在芒康设立了江卡委员会；
中华民国元年（1912年），设立宁静县和盐井县、属川、滇、藏边务大臣管辖；
民国二十一年（1932年），芒康又归属西藏管辖；
芒康县设立县治
1950年1月，中国人民解放军进军西藏。同年10月上旬，十八军一五七团、十四军一二六团分别进抵宁静、盐井宗（县）；
1950年10月12日，藏九代本德格·格松旺堆在芒康率部起义，人民解放军解放宁静、盐井；
1951年初，昌都地区人民解放委员会向宁静、盐井（宗）派出了军事代表，建立代表处；
1956年10月，西藏工委把宁静、盐井代表处改为宗党委会，正式建立了宁静、盐井县；
1956年11月，芒康十八土司之首普巴本·次旺多吉指挥叛匪公然袭击竹卡守桥部队和包围荣许军需站的严重流血事件，公开发动了武装叛乱；
1959年3月，西藏地方政府上层反动集团撕毁“十七条”协议，发动了全面武装叛乱，芒康境内部分寺院参加了叛乱。如盐井岗达寺、拉贡寺也参与叛乱，造成了岗达战役。同年六、七月，大批地方部队进入宁静、盐井地区。
1960年4月9日，国务院将宁静县、盐井县合并为宁静县，组建七区、三十六个乡农牧协会；
1963年，芒康县进行普选建政工作，1965年结束，把行政七区重新划为十一个区、六十个乡；
1965年7月20日，宁静县首届人民代表大会召开；
1965年11月，宁静县改名为芒康县；
1968年5月4日，经西藏军区党委批准，成立了芒康县革命委会；
1971年至1974年芒康县在全县范围内开展了社改运动，实现了人民公社；
1982年初，芒康县全县范围内开展了“生产承包制”进行包产到户；
1988年，芒康县进行“撤区并乡”，把全县十一个区、六十个乡，重新划为二十四个乡镇，两个保留区即盐井区、竹巴龙区。
2014年11月，昌都撤地设市，芒康县为昌都市辖县。
