马头历史悠久，相传唐代已初具规模。由于地处沂河岸畔，清代以前水陆交通方便，商船停泊，车马宿住，故名码头，后人为书写方便，简化为马头。
清顺治十五年(1658年)，为郯城县大东安乡。
雍正二年(1724年)属郯城县西乡。
民国初年属郯城县二区，并曾称马头镇。
1948年划为郯城县第十一区。
1954年，改建马头镇。
1958年撤区并乡，改称马头乡，同年秋建立马头人民公社。
1962年改称马头区。
1971年夏称马头公社。
1984年政社分开，因驻地马头，故名马头镇。
马头镇组织建设
中共地方组织建设 1924年刘之言经庄龙甲等人介绍加入了中国共产党。
1927年5月， 刘之言中断学业，回到家乡马头镇，于1928年3月受私立“求是”小学校长于霭辰的聘请，到该校任教。
1929年10月，马头“三小”(“求是”已更名第三小学)中共党支部建立(后改称中共鲁南第一支部)，刘之言任书记兼宣传委员，刘谐和任副书记，孙振国为组织委员。
1930年夏，发展了党员刘念喜(刘之言之妹)、宋幼淮、马久功、张慧一(女)、柏文达等十余人。
1931年春，马头“三小”党支部发展了一批农民入党，如郭云舫、朱次彭、刘文漪、赵民三、田英、危益民等人，并建立了褚墩、芦汪子、北哨党支部。
1932年春，马头“三小”党支部改组为中共马头中心区委，下辖徐圈子、房庄、樊埝、唐桥、马头镇党支部(书记徐林，字昆吾)。
1933年7月，在苍山暴动中，刘之言壮烈牺牲。
1938年7月，中共马头镇特别支部成立，朱继箴任书记。随着形势的发展， 1940年3月，中共郯马工作委员会在马头镇成立，崔光润任书记。这时，村党支部迅速发展，马头镇内分东西两个支部，镇外有桑庄、唐桥、黄金殿、高炉、小圩沟、 乔村、高圩子、杨庄、杜港口、樊埝、房庄等15个党支部。
1948年1 0月马头解放，成立中共郯城县委第十一区(马头)分委，李恒昌任书记。
1950年李恒昌调任县公安局长、刘顺启继任书记。
1954年区分委改组为中共马头镇特支委，书记杨兆森，其后是鲁玉莹、童金明。
1958年春中共马头乡委员会成立，同年秋，成立马头公社党委，刘兴武任党委书记至1966年。
1967年～1971年1月成立核心组， 曹森任组长；1971年2月～1975年7月成立马头镇革命委员会， 张志茂任党委书记；1976年～1984年汪效秋任马头公社党委书记；1984年5月～1990年10月张永瑞、徐勤功先后任马头镇党委书记；1990年4月～1991年8月侯顺吉任党委书记；1991年9月～1995年3月刘贵增任党委书记；1995年3月～199 8年11月徐祗乐任党委书记；1998年11月～2001年5月史效宾任党委书记；2001年5月至今，刘洪军任党委书记。
马头镇基层政权
1937年“七·七”事变后，马头镇原“三小”的老同学和苍山暴动失败后隐蔽下来的老党员齐克、徐昆吾、齐展云
等成立“马头镇抗日民族解放促进会”，发动群众进行抗日斗争。继之，“郯城县儿童抗敌后援会”在马头成立，成员有方平、文渊、 蓝会武等。
1938年1月在黄金殿村，将“抗日民族解放促进会”改组为“临郯青年救国团马头镇第七分团” ，同年8月，马头镇抗日义勇队成立，朱继箴任队长。
1939年2月，临郯青年救国团团歌在马头诞生，作词梦孙(后曾任济南市副市长) ，沈淇生谱曲。夏，国民党保安团进驻马头，镇压抗日救亡活动。同年11月，八路军一一五师东进支队解放马头，后由一一五师苏鲁豫支队接防郯马。12月，郯城县民众抗日总动员委员会在马头镇成立，主任高赞非 (胜利街人，后曾任曲阜师范学院院长) 。
1940年1月， 郯城县抗日民主政府在马头镇成立，翟亚任县长，马头士绅邓月楼任秘书。 7月，罗荣桓、赵群到马头检查工作，处理了一些违纪干部。这年一一五师还在马头镇“源兴永”商店(现为马头镇政府所在地，当时大门向西)举办了鲁迅文艺训练班。 12月，马头被日军侵占。
1945年7月16日，马头再次解放，1947年1月6日，国民党74师占领马头。
1948年11月8日，马头镇第三次解放。建政后被划为第十一区，成立区公所，区长任宗宽(桑庄人)。后为门振开。
1954年撤区建镇，镇长汪孝秋。
1958年秋， 成立马头人民公社，实行政社合一，设管理委员会，1962年称马头区。1 968年建立革命委员会。
1971年复称马头公社管理委员会。
1984年政社分开，成立马头镇人民政府至今。
