秦时地属会稽郡娄县。
西汉高祖六年（前201年），刘邦将吴、越之地赐堂兄刘贾，封荆王，本地区属荆王封地。
景帝三年（前154年），九亭地区属娄县。
东汉建安二十四年（219年），陆逊因功封华亭侯，九亭地区为其封地一部。
南朝梁天监六年（507年），裁娄县，并人信义县。
唐天宝十载（751年），吴郡太守赵居贞奏划昆山南境、嘉兴东境、海盐北境置华亭县，隶吴郡，时九亭地区为华亭县华亭乡中心地带。乾元二年（759年），改吴郡为苏州，隶浙江西道。
五代十国时期，地属吴越国。吴越宝大元年（924年），置开元府于嘉兴，华亭县为开元府所辖。天福五年（940年），易开元为秀州。
北宋太平兴国三年（978年），华亭隶两浙路秀州。
熙宁七年（1074年），分两浙路为浙东路和浙西路，本地区为浙西路秀州华亭县华亭乡。秀州为嘉兴府，华亭县属嘉兴府。
元至元十四年（1277年），升华亭县为华亭府，领华亭县。九亭地区为松江府华亭县华亭乡35保。
南宋庆元元年（1195年），升翌年，华亭府改称松江府，时
明嘉靖二十一年（1542年），划华亭县集贤、修竹、华亭三乡部分和上海县新江、北亭、海隅三乡建青浦县，九亭北部地区（松沪、黄泥浜、杜巷、小寅、朱坊）隶之。
嘉靖三十二年（1553年）废青浦县，恢复华亭县境。
万历元年（1573年），重建青浦县，九亭北部地区复属青浦县辖下。
清顺治十三年（1656年），析华亭县建娄县，时九亭地区分属华亭、娄、青浦三县。
民国元年（1912年），撤松江府，华亭县、娄县合并为华亭县，隶江苏省。
民国三年（1914年），华亭县改称松江县，时九里亭张家角及蒲汇塘以南地区辖于松江县七宝乡；苍石桥、姚家阁、田村等地隶属松江县陈家行乡；北场东南一地归入松江县莘庄乡；九亭北部地属青浦县龙凤乡。抗日战争时期，日伪在“清乡”期间一度改松江县为松江特别区。
民国三十四年（1945年）抗日战争胜利后，九亭之地分属松江县泗泾区辖下的蒲南乡、蒲北乡、赵庄乡、苍石乡、陈行乡以及青浦县辖下的龙凤乡。
民国三十六年（1947年），九亭地区属存仁乡。
1949年5月，松江解放，九亭地区隶苏南行政公署松江专区松江县泗泾区和青浦县龙固区。
1954年3月，青浦县龙固区杜寅乡划归松江县，并人泗泾区。时九亭地区属泗泾区杜寅乡、新民乡、联农乡和民乐乡（部分）。
1957年撤区并乡，九亭地区分属松江县泗联乡和新桥乡。
1958年10月，撤乡，泗联乡建东方人民公社，新桥乡建卫星人民公社。
1959年4月，东方人民公社、卫星人民公社分别更名泗联人民公社、新桥人民公社。
1958年1 1月，松江县由江苏省划归上海市。
1978年3月，由泗联、新桥公社划出部分大队组建九亭人民公社，从此九亭成为独立建置。选址友谊大队陈家浜生产队建九亭集镇，为公社驻地。
1984年2月，恢复乡行政建制，九亭人民公社改称九亭乡，成立乡人民政府，生产大队更名为行政村，建村民委员会，生产队改为村民小组。
1993年8月，撤乡建镇，成立九亭镇人民政府，实施镇管村建制。
2015年7月15日，市政府（沪府[2015]51号）批复同意将九亭镇沪松公路以北区域划出设立九里亭街道。
