唐武德五年(公元622年)改宁越郡为钦州总管府,元改为钦州路,明初改为钦州府,万历年间形成大寺镇古圩场,相传明朝中期,三个和尚前来这里化缘传道,并在古圩场北面的大寺江岸上建成一座寺庙(北帝庙原址),“大寺”亦因此得名。
清朝时期,大寺初属永乐乡一图,后属新立乡二图。
民国19年始设大寺镇及大寺乡, 30年合并为大寺乡。
民国年间改为钦县,属广东省钦廉专署所辖。
中华人民共和国成立后,1950年设大寺乡,属广东省设钦廉行政专员公署,1951年改隶广西省,1955年复隶广东省,贵台镇曾一度合并到湛江专区。
1957年7月拨入钦北壮族自治县(简称钦北县,县治所在大寺镇),将今镇境分为大寺、附城、屯强、南间4个乡(镇),1958年秋并为大寺大公社,1958年11月15日随钦北县并回钦县,1959年4月设大寺公社,1984年9月改为镇,镇治大寺圩。
1994年6月28日,经国务院批准,撤销钦州地区,设立地级钦州市,大寺镇划归钦北区。
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