（1）米曲霉和酱油曲霉 米曲霉是好氧微生物，当氧气不足时，生长受抑制。制曲时应通入空气，排除二氧化碳，既满足米曲霉的好氧要求，又抑制厌氧菌的繁殖。米曲霉能分泌复杂的酶系统，分泌的胞外酶有蛋白酶、糖化酶、谷氨酰胺酶、果胶酶、半纤维素酶、纤维素酶等；分泌的胞内酶有氧化还原酶等。K、P、Ca、Mg是米曲霉生长所必需的。米曲霉生长最适合温度是32℃～35℃，低于28℃或高于40℃生长缓慢，42℃以上停止生长。米曲霉生长需要水分。当曲料水分小于40%时会影响菌丝生长，当曲料水分过大杂菌容易繁殖。在曲霉生长期，曲料含水量48％，空气相对湿度90％以上，曲霉产酶期水分适当降低，米曲霉生长和产酶适宜pH为6.5～6.8。 酱油曲霉是20世纪30年代日本学者坂口从酱曲中分离出的，并应用于酱油生产中。酱油曲霉分生孢子表面有小突起，孢子柄表面平滑。米曲霉的α-淀粉酶较高，酱油曲霉的多聚半乳糖醛酸酶较高。两者在酿造特性上也有差异。日本现在制曲的菌株分别是米曲霉占79％，酱油曲霉占21％。 对酱油酿造用曲霉菌株总的要求是：蛋白酶及糖化酶活力强，生长繁殖快，对杂菌抵抗力强，发酵后具有酱油固有的香气而不产生异味，不产生黄曲霉毒素。 （2）酵母菌 酱醪分离出的酵母有7个属，32个种。其中与酱油质量关系最密切的是鲁氏酵母。酵母菌在酱油发酵中有重要作用，对酱油的香气和风味影响很大。在发酵温度过高的情况下，由于酵母菌失去活性而影响酱油香气成分的形成。为了提高酱油的风味，有的工厂在酱醪发酵后期，人工添加鲁氏酵母和球拟酵母，收到良好效果。 （3）乳酸菌 酱油乳酸菌是生长在酱醅这一特定环境中的特殊乳酸菌，代表性的是嗜热片球菌、酱油四联球菌、植质乳杆菌。乳酸菌呈球形或杆状形，单独生长，连接成对或呈链状。有的好氧，也有微好氧与嫌氧。乳酸菌能利用糖类产生乳酸。在酱醪发酵过程中，前期嗜盐足球菌多，后期四联球菌多些。如发酵1个月的酱醪，乳酸菌约含100个/g，其中酱油足球菌约占90％，其余10％为酱油四联球菌。它们能耐18％～20％的食盐。嗜盐足球菌能耐24％～26％的食盐。 酱醪发酵过程中，由于乳酸菌的发酵作用，降低了发酵醪pH值至5左右，能促进鲁氏酵母繁殖。乳酸菌和酵母菌联合作用，赋予酱油特殊的香气。根据一般经验，酱油中乳酸含量达15mg/mL质量较好，含量在0.5mg/mL以下时，酱油质量较差。但乳酸菌若在发酵的早期大量繁殖产酸，使酱醪pH值过早降低，会破坏米曲霉分泌的蛋白酶的活性，影响蛋白质利用率。乳酸菌和酵母菌在酱油发酵过程中是协同作用的，根据经验所知，乳酸菌数为酵母菌数的10倍时，效果最好。
