公元前770年,周平王迁都洛邑,历史进入春秋战国时期,一度名相和鸣鹿(今鹿邑县辛集镇),均属豫州陈国。公 元前 571年,周敬王42年7月(前478年),楚惠王灭陈,苦又属楚。秦时,苦县属豫州陈国。
西汉,苦县属兖州淮阳国。新莽时期改苦为赖陵,建武元年(公元25年)光武帝改赖陵复苦县。建安元年(公元196年)献帝封曹操为武平侯,食邑于此,属豫州陈国。现鹿邑县境内还存有三国曹魏修建的武平城(今鹿邑县邱集乡武平城村)及观武台(今鹿邑县玄武镇)遗址。
晋咸康三年(公元337年),改苦为父阳和武平属陈留郡。南北朝孝明帝正光年间改父阳为谷阳,属陈留郡。
隋,谷阳属豫州谯郡。开皇十六年(公元596年)更武平为鹿邑,并移治今试量镇属淮阳郡。大业十三年(公元617年)农民军田黑社占据鹿邑,改鹿邑为涡州。
唐,武德三年(公元620年)田黑社败,更涡州复名鹿邑。
宋,大中祥符七年(公元1014年)改真源为卫真和鹿邑同属淮南东路亳州辖。
元,至元二年(公元1265年),鹿邑、卫真两县合并,取名鹿邑,治所设置在今县城,属河南江北行省归德府亳州。从此,县名始一,境域至
亦无大变化。
明清时期,鹿邑均隶属河南归德。
民国时期先后属开封、商丘、淮阳等专区。
中华人民共和国成立后,鹿邑县的行政隶属关系和行政区划设置,有过几次较大的变动和调整。建国初期,鹿邑县先后属淮阳、商丘、开封、周口等专区。
1968年6月属周口地区。2000年6月至今,国务院批准周口撤地设市,鹿邑从之。
2014年1月1日,鹿邑晋升为省直管县,由河南省政府全面管辖。