属南野县地。三国吴嘉禾五年（236年）析南野置南安县。晋太康元年（280年）改名南康县，因“地接岭南，人安物阜”而得名。太康三年属南康郡。南朝宋永初元年（420年）属南康国。齐、梁、陈、隋属南康郡。
唐属虔州。五代十国属百胜军。南康属昭信军。宋属南安军。元属南安路。明、清属南安府。
民国时期先后属赣南道和第十一、第四行政区。
1949年8月14日，南康解放，属赣州分区（后为赣西南行政区直属县），1951年6月属赣州专区，1954年属赣南行政区。
1964年属赣州专区，1971年属赣州地区。
1984年5月15日，设立大岭乡、唐西乡、内潮乡、圩下乡；沙溪公社建乡，更名为十八塘乡。
1988年12月10日，撤销风岗乡、横市乡、赤土乡、东山乡，设立风岗镇、横市镇、赤土镇、东山镇（。
1994年5月4日，撤销潭口乡，将所辖行政区域划归潭口镇管辖。
1995年3月7日，同意撤销南康县，设立南康市（县级），以原南康县的行政区域为南康市的行政区域。为省辖县级市，由赣州市代管。
1996年3月19日，撤销潭东乡、三益乡、龙回乡、龙岭乡、镜坝乡，设立潭东镇、三益镇、龙回镇、龙岭镇、镜坝镇。至此，全市辖12个镇、17个乡：蓉江镇、金鸡镇、潭口镇、唐江镇、凤岗镇、赤土镇、横市镇、龙回镇、三益镇、潭东镇、龙岭镇、镜坝镇、浮石乡、西华乡、横寨乡、朱坊乡、太窝乡、大岭乡、三江乡、龙华乡、唐西乡、平田乡、内潮乡、十八塘乡、圩下乡、麻双乡、隆木乡、大坪乡、坪市乡。
1998年8月5日，将唐西乡的庄稼村委会和平田乡的章石村委会划归唐江镇。
2001年9月6日，撤销赤土镇建制，改设赤土畲族乡。
2001年3月2日，撤销大岭乡、唐西乡、平田乡，划归唐江镇。
2003年9月2日，撤销蓉江镇、金鸡镇和西华乡，调整设立蓉江街道办事处、东山街道办事处。
2003年10月21日，撤销内潮乡，成建制划归十八塘乡管辖；撤销圩下乡，成建制划归麻双乡管辖；撤销三益镇，成建制划归龙回镇管辖。
2004年底，全市辖2街道8镇12乡（含1民族乡）。
2013年10月，国务院正式批复了赣州市部分行政区划调整方案，同意撤销县级南康市，设立赣州市南康区，同时将原南康市的潭东镇、潭口镇划归赣州市章贡区管辖。
2014年2月25日，赣州市南康区正式挂牌成立。
2016年2月，南康区调整行政区划，把风岗、三江整建制以及唐江3个村、太窝6个村划归赣州经开区管理。
