在司法实践中，对“避风港”原则的几个主要争议焦点：
一、“避风港”原则是抗辩理由还是免责事由
根据“避风港”原则含义，该原则提供的是限制网络服务商承担侵权责任的条件，并没有落入法定免责事由的范围。同时，根据DCMA和我国《条例》规定，能够成功驶入“避风港”的网络服务商必须先从互联网中移除涉嫌侵权的资料，否则不能受到“避风港”保护。因此，无论是DMCA还是我国《条例》，其中规定的“避风港”原则均只是网络服务商面对著作权侵权纠纷的一种抗辩理由，至于能否对抗权利人的侵权赔偿请求，还需法院进一步审查网络服务商是否具备驶入“避风港”的法定条件。只有满足了严格的法定条件，网络服务提供商才可能受到“避风港”的保护。因此，“避风港”原则对于网络服务商来说并非当然免责。
二、对权利人“通知”的要求应该严格还是宽松
目前在许多网络侵权案件中都普遍存在一个问题，即权利人发现网络服务商的空间上存储了未经其授权的作品后，便直接向法院起诉，而不启动“通知”程序。还有的原告声称向侵权网站发出了“通知”，但无相应证明。因此很多权利人因为在“通知”程序上出现疏漏而败诉。一些观点正是基于上述案例认为“避风港”原则明显倾向于保护网络服务商，而不注重保护著作权人的利益，从而认为“避风港”原则有失公平。
事实上，“避风港”原则中的书面“通知”程序有利于规范服务商和著作权人之间的举证责任，同时还有利于防止基于恶意的不实通知。此项机制，可免于诚实经营的服务商为侵权责任的风险过于担心；可使网络用户的言论自由不受恶意通知侵害；还可以使著作权人积极准确的行使权力。因此对于“通知”程序的形式和内容严格要求是有必要的。
三、服务商的注意义务程度如何界定
在“避风港”原则中，主观前提条件非常重要，即服务商必须不知道侵权的存在，或者没有意识到侵权活动的发生。换言之，如我国《条例》第23条最后一款所规定的，“（网络服务提供者）明知或者应知所链接的网络作品侵权的，应当承担共同侵权责任。”此条款被公认为是“避风港”原则的例外。在实践中，何种情况下认定网络服务商“明知或应知”侵权作品的存在，尚是一个争议颇多的问题。
