清康熙初年,设北海镇标,驻北海,北海地名始见。
民国元年(1912年),属广东省钦廉军政分府,民国十五年(1926年),属北海市政筹备处,直辖于广东省。
民国十七年11月,复归合浦县管辖。先后属合浦县第二区、第五区、第三区。
1949年12月4日,北海解放,铁山港区属合浦县。
1951年1月,直属广东省。同年5月委托广西省领导。
1952年3月北海划归广西省。
1955年7月1日,复归广东省。
1956年4月,属北海县级市。
1965年6月,铁山港区随北海市划归广西壮族自治区。
1983年10月,属地级北海市建制。
1994年12月17日,国务院批准:北海市新设铁山港区。
铁山港区辖从合浦县划入的南康镇、营盘镇,区人民政府驻南康镇。2000年,铁山港区辖3个镇。
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