穆尔河流域的探险者，远东地区的开发从此开始。17世纪上半叶第一批俄罗斯居民出现在鄂霍次克海沿岸。在波亚尔科夫和哈巴罗夫的探险后，人们开始在阿穆尔河左岸大片无人区定居。同时鄂霍次克海沿岸得到积极开发。17世纪鄂霍次克已经成为俄罗斯帝国主要的太平洋港口。
1850年，在阿穆尔河河口建立了一座城市—阿穆尔河畔尼古拉耶夫斯克，这在很大程度上推动了这一地区的开发。滨海边疆省成为这一地区第一个独立的行政区划，中心设在阿穆尔河畔尼古拉耶夫斯克（建于1856年）。
1858年，俄国沙皇亚历山大二世派遣东西伯利亚总督穆拉维约夫侵占中国黑龙江沿岸并在此设军事哨所，建立哈巴罗夫斯克城（起初只是哈巴罗夫斯克村，1893年建市）。
1860年，俄国成立了新的边疆省——阿穆尔边疆省，中心设在布拉戈维申斯克。
1864年，中俄签订《中俄北京条约》，包括哈巴罗夫斯克边疆区在内的原属清朝位于黑龙江及乌苏里江交界处东侧土地，连同库页岛一并让予俄国。
1880年，哈巴罗夫斯克边疆省中心改设在哈巴罗夫斯克市，同时在该边疆省内设立了哈巴罗夫斯克专区。
1884年，该地成立了阿穆尔河沿岸总督管辖区，中心设在哈巴罗夫斯克。管辖区内有阿穆尔边疆省、滨海边疆省、外贝加尔边疆省。
1909年，滨海边疆省又分成三个边疆省——萨哈林边疆省、堪察加边疆省、滨海边疆省（中心设在符拉迪沃斯托克），哈巴罗夫斯克县被划入滨海边疆省。
1920年，新的阿穆尔河沿岸边疆省从滨海边疆省中划分出去，中心设在哈巴罗夫斯克市，而后改建为省，并入远东共和国。
1922年，远东共和国撤消，成立远东州，中心设在赤塔，从1924年起改设在哈巴罗夫斯克。该州包括阿穆尔省、外贝加尔省、堪察加省、阿穆尔河沿岸省、贝加尔沿
岸省、滨海省和划归中东铁路的地带。这些省在远东州仅存在了三年。
1926年，苏联重新对远东进行地区划分，用专区代替省，全俄中央执行委员会主席团在前远东州的版图上建立了远东边疆区，中心设在哈巴罗夫斯克，边疆区内有9个专区：阿穆尔专区、符拉迪沃斯托克专区、结雅专区、堪察加专区、尼古拉耶夫斯克专区、萨哈林专区、斯列坚斯克专区、哈巴罗夫斯克专区、赤塔专区。
1938年10月20日，远东边疆区又被一分为二，划分出哈巴罗夫斯克边疆区和滨海边疆区。当时在哈巴罗夫斯克边疆区中有阿穆尔州、犹太州、下阿穆尔州、堪察加州、萨哈林州、楚科奇民族专区、科里亚克民族专区、科雷马河各区。
1947年，萨哈林州脱离哈巴罗夫斯克边疆区。
1948年，阿穆尔州也分离出去。
1953年，由科雷马河各区成立了独立的马加丹州和楚科特民族专区。
1956年，苏联成立了堪察加州，并撤消了下阿穆尔州，它所属的所有地区划归哈巴罗夫斯克边疆区直接管辖。
1991年起，犹太自治州从哈巴罗夫斯克边疆区分离出去，成为俄罗斯联邦的一个独立主体。
（注：哈巴罗夫斯克边疆区的南部于清朝时曾是中国领土，
被俄国侵略并割占。）
