清朝初设南木林宗。
民主改革前,由嘎厦政府和班禅堪布会议厅联合管辖。
1951年5月23日,《中央人民政府和西藏地方政府关于和平解放西藏办法的协议》在开京签定,宣告西藏和平解放。
1959年民主改革前,南木林是由西藏噶厦政府的4个宗和后藏班禅堪布会议厅的7个溪卡合并组成,分别由西藏噶厦政府、班禅堪布厅管辖。收税纳贡,派差服役,实行“政教合一”的封建农奴制度。
1960年1月25日,成立了南木林县人民政府,隶属日喀则地区。
2014年7月,日喀则撤地设市,南木林县属于日喀则市,县府驻南木林雪。
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