在交易成本经济学中，资产专用性有着非常重要的意义。威廉姆森断言：“交易之所以称之为交易，最关键的条件就在于资产具有专用性。只有在支撑交换的是双方各自投入的干系重大的专用资产的条件下，交换双方才能有效地进行互利的贸易”（Williamson，1985，下同）。“资产专用性对交易成本经济学的重要性无论怎样强调也不过分……如果资产没有专用性，交易成本经济学就没有了说服力”。虽然区分交易的主要标志是资产专用性、不确定性和交易的频率，但是只有资产专用性才是最重要的标志，是交易成本经济学与解释经济组织的其他理论相区别的最重要的特点。在交易成本经济学中，虽然有限理性、机会主义和资产专用性是缺一不可的三个核心概念，但是其中最重要的概念当非资产专用性莫属。所谓资产专用性，就是为支撑某种具体交易而进行的耐久性投资，这种投资一旦做出，除非付出生产性价值的损失，不能转为其他用途。资产专用性主要表现在地点专用、物质专用、人力专用、专项用途、品牌专用及临时专用。根据行为假设和资产专用性的分布，威廉姆森认为，在有限理性、机会主义和资产专用性都存在的情况下，由于合约不完全，承诺也不可能不折不扣地执行，法庭裁决也不可靠，合约的履行职能依靠私下解决。在这种情况下，需要建立一种组织，将各种交易组织起来，经济合理地利用有限理性，并保护交易各方免受机会主义行为之苦。进一步地，交易成本经济学认为，企业、混合形式和市场是可以相互替代的治理结构，具体选择何种治理方式，取决于不同特性的资产在不同治理结构下的交易成本。对于通用性较强的资产，通过市场来治理交易成本更低；对于专用性程度较高的资产，依靠统一治理，通过科层来完成交易成本更低；处于二者之间的则属于新古典合约和关系型合约，通过除市场和科层之外的混合形式来完成将最小化交易成本。
资产专用性、交易频率和不确定性这样的维度区分，将交易成本从一个大而不当的概念变得具有可操作性，尤其是资产专用性这一概念的介入，使得我们对交易成本的认识更为具体。但是，对资产专用性的过分强调可能会让我们忽略一些更为重要的东西，进而妨碍我们对交易成本更全面的认识；并且，即便是关于资产专用性最核心的纵向一体化理论，也无法解释或预测现实生活中的经济现象。
1.资产专用性与一体化。
首先，按照交易成本经济学的预测，对于通用性资产，即便是参与人理性有限，也有机会主义动机，但由于资产没有专用性特征，在这种情况下，合约双方不可能有长期的互惠利益，只有分散的、逐个签订的市场合同才真正有效，市场可以充分展开竞争，从而使得机会主义动机却无法变成机会主义行为。因此，对于通用性资产，采用古典合约，可以通过市场有效地治理交易。但是，正如我们看到的那样，同样是通用性资产，有的通过租赁来获得，而有的则是企业自己拥有。因此，资产专用性理论无法解释通用性资产多种治理结构并存的现象。其次，交易成本经济学还预测，资产专用性越强，越倾向于通过纵向一体化采用科层来治理。因为对于专用性很强的资产，由于彼此的相互依赖，交易一方可能产生机会主义行为，从而增大了交易成本，因此，合理的交易方式是通过纵向一体化合并两家企业，这样就能有效地降低机会主义行为，进而降低交易成本。但是，与资产专用性有关的机会主义问题，也可以“通过合约的明文规定得到解决”（德姆塞茨，2007）。因此，交易成本经济学对专用性资产的治理模式也不能提供准确的预测。因此，无论是专用性资产还是通用性资产，都有科层治理和市场治理两种模式。事实上，资产专用性理论能解释的现象的范围比我们曾经想象的要窄得多（Miwa & Y.MarkRamseyer，2000）。
2.资产专用性与公司治理。
虽然用物理属性来解释不同资产的治理模式的略显差强人意，却也能提供一些有益的洞见，但是在面对企业内部的权力配置、收益分配、风险分担等诸多现象时，资产专用性理论的解释显得捉襟见肘。在面对企业内部专用性的分析时，威氏并没有坚持其原有关于资产专用性的定义，而是以是否遇到风险来定义企业内的资产专用性。威氏认为：“向企业提供资金的人总是和企业有着某种与众不同的联系，他们对企业的全部投资随时都会遇到风险……因此，资金供给者事实上总是处于k>0的分支上。他们唯一的问题是自己的投资得到很好的保护还是很差的保护”。从退出权的角度上看，公众公司的股东可以很容易地将自己投资于公司的财产通过证券市场退出而不一定非要承受生产性价值损失，债权人的利益可以通过资产抵押得以保护，债权人的退出也不一定非要承受生产性价值损失。那么我们是否可以据此认定公众公司的资产不具有专用性特征呢?显然不能。按照威氏对于资产专用性的定义，相当多的企业都拥有专用性资产。这就凸显出资产专用性的悖论：一方面，从法人财产权的角度，企业的资产具有专用性特征，如果退出，就要付出生产性损失；另一方面，而从投资人的角度，从企业中将资产退出并非一定要承受生产性价值损失。然而企业的法人财产是由投资人的投入的资本形成，而从退出权的角度看投资人的资本并不具有专用性。退一步，即便是我们认定权益资本和债权资本都具有专用性特征，威氏也没有解释同样作为资金供给者，为什么权益资本要通过董事会来保护自己的权益，而债权资本却要通过抵押的方式来保护自己的权益。对于人力资本，交易成本经济学认为工会组织、退休金计划、金色降落伞等就是针对专用性人力资本的治理方式。首先来看工会，工会一般是以行业或者企业为基础形成的，其保护的对象是工会内的劳工。以铁路工会为例，铁路工人拥有的是针对如何使用和养护铁路的技能和知识，这些技能和知识不只针对某一家特定的铁路企业有用（除非铁路企业只有一家），而是对整个铁路行业都有用，因而不是威氏意义上的专用性人力资本，而只是一种专业性人力资本。从这个意义上讲，行业工会是一种保护专业性人力资本的组织，与专用性无关。同样，以企业为基础形成的工会中，会员可能不仅包括有专用性人力的雇员，也包括只有通用性人力资本的雇员，既然工会会员同时包括专用性人力资本和通用性人力资本，那么同样也很难认定工会就是保护专用性人力资本的一种治理结构，因此，认定工会是一种保护专用性人力资本的治理结构的看法可能只是一种误传。此外，如果我们认定退休金计划和金色降落伞是针对专用性人力资本的一种治理措施，那么同样是具有专用性的人力资本，为什么企业的高管要采用金色降落伞来保护其专用性人力资本，而一般雇员只能得到退休金计划这类的保护措施呢?缺乏对具体措施的对比、论证和甄别，得出的结论很难让人信服。
在权威配置和收益分配上，资产专用性理论也很难自圆其说。在企业的权威配置上，资产专用性也不能解释为什么股东是企业的治理主体，而债权人和人力资本所有者一般都不能进入董事会。从收益分配上，姑且认定权益资本、债权资本都具有专用性特征，那么为什么权益资本只能通过剩余索取权来获取收益，而债权资本却只能得到合约规定的报酬?一般地，基层雇员和企业高管都或多或少拥有企业专用性人力资本，为什么企业高管会通过期权或者股权的方式获得企业剩余，而普通员工的报酬却只能通过固定工资和奖金来体现呢?这些现象同样很难用资产专用性来解释。
3.资产专用性与企业边界。
按照交易成本经济学的预测，企业的纵向一体化主要取决于资产专用性，因此企业边界将主要取决于资产的专用性程度，然而，在论及企业边界时，威氏却放弃了这种逻辑。“为什么小企业联合起来能办成的事，一家大企业就办不到也不能做得更多呢?”对于这个自己提出的问题，威廉姆森的答案是：首先，由于有限理性，导致控制的跨度有限，如果扩大企业规模，则控制损失也会按几何级数增大并累积起来。其次，由于企业内既无法实施强激励，也无法进行选择性干预。再次，官僚主义成本的存在，也制约了企业的规模。按照科斯的判断，企业的边界取决于企业内组织一笔交易与之公开市场上完成统一比交易或者另外一个企业组织同样交易的成本，也就是说，企业的边界取决于用不同方式完成一笔交易的交易成本的权衡，影响企业边界的唯一因素是交易成本。既然交易成本经济学声称所有与交易有关的成本都将纳入考虑，那么作为要素交易的市场———企业内的交易也同样应该用交易成本的方法来分析。而威氏认为决定交易成本的因素主要有资产专用性、交易频率和不确定性，而这三种因素中又以资产专用性为最，但是在论及企业边界时，既没有涉及到资产专用性，也没有涉及到与资产专用性有关的交易成本，分析方法上逻辑不统一。
4.专用性测度与资产处置。
在用以测度交易成本的三个变量中，最为倚重的是资产专用性，因此交易成本经济学要有所突破，必须在资产专用性的测度上有所创新。然而，在交易成本经济学中，资产专用性依然是一个定性的变量，没有一个定量的测度，而一旦缺乏了准确的测度，则很难认定交易成本经济学所定义的交易成本比科斯意义上的交易成本更具体，更具可操作性。另外，资产专用性这一概念强调的是资产的物理形态，一旦脱离了具体资产形态的束缚，比如权益资本和债权资本，无论从最初的出资形式还是从退出的角度上看，很难认定这些资本具有专用性特征。退一步，如果认定其具有专用性特征，那么脱离了具体物理形态束缚的资产的专用性又该如何测度，同样没有答案。此外，按照定义，资产专用性是指“为支撑某种具体交易而进行的耐久性投资；一旦最初达成的交易没有到期就提前结束，（这种资产）改用于最佳其他用途或由他人使用，那么发生在这种投资上的投机成本要低得多”。作为企业法人财产的专用性资产转为其他用途，固然要承受生产性的价值损失，而法人财产组成之一的权益资本也就具有了专用性特征。按照预测，具有专用性的权益资本的处置———转让也将承受价值损失，但是，实际上我们更多的却是看到权益资本的转让却以溢价的形式表现出来。如果按照威氏对于权益资本是因为承担了风险而具有专用性特征，那么非人力资本的证券化使得非人力资本很容易逃避企业的投资风险（方竹兰，1997），而一旦否定了非人力资本的风险承担特性，也就等于否认了企业内非人力资本的专用性特征；否认了企业内非人力资本的专用性特征，交易成本经济学对企业内部的治理结构的解释就没有任何价值，这也是交易成本经济学不得不面临的又一个难题。
因此，无论是对于不同属性资产的治理模式、企业边界、资产专用性的测度与资产处置还是对企业内部的诸多现象的解释或预测，以资产专用性为核心构筑的交易成本经济学都表现得不尽人意，这大大削弱了交易成本经济学的理论价值和适用范围。进一步地，虽然资产专用性在某些场合的合约安排上表现出一定的解释力，但是更多的时候，无论是在市场交易还是企业内部治理上，都不是一个不可或缺的变量，因此，我们怀疑交易成本经济学特别倚重的资产专用性这一核心变量能否支撑起交易成本经济学这个庞大的理论体系。
