慕尼黑地区最早的居民点可以追溯到罗马帝国时期。
在8世纪，这个地方出现了一个本笃会修道院，因此慕尼黑这个地名德语中有“僧侣之地”的含义。
1158年是慕尼黑最早见于文献记载的年份，因而被推定为该市成立的年份。
1175年，慕尼黑正式获得城市身份，建立了要塞。
1180年，狮子亨利失势受到审判，奥托一世成为巴伐利亚公爵，他将慕尼黑交给弗赖辛主教。奥托主教的继承人维特尔斯巴赫王朝统治巴伐利亚直到1218年。
1240年，慕尼黑市被交给巴伐利亚公爵奥托二世。
1255年，巴伐利亚公国分裂为两部分，慕尼黑成为上巴伐利亚公国都城，从此开始了该市的建都史。
1328年，上巴伐利亚公爵路易四世加冕成为神圣罗马帝国皇帝。他给予该市食盐专营权，获得稳定收入来源，这样该市地位提高。慕尼黑是从萨尔茨到奥格斯堡道路上主要的渡口。他在位期间，以慕尼黑为帝都，扩建城垣，奠定了老城的规模。
1327年，城市的大部分被一场火灾烧毁，随后得到重建，几年后扩建了新的要塞。
1429年，慕尼黑的一部分再次被大火烧毁。市民考虑到面临胡斯派的威胁，扩建了要塞。15世纪后期慕尼黑经历了哥特式的复兴 - 扩建了老市政厅，在20年内建成了新的主教座堂慕尼黑圣母教堂（始建于1468年），主教座堂的2座绿色穹顶的砖砌钟楼成为该市的标志。
1506年，慕尼黑开始成为整个巴伐利亚的首府。艺术与政治日益受到宫廷的影响。16世纪，慕尼黑是德国反宗教改革的中心，也是德国文艺复兴艺术的中心。
1609年，德国天主教同盟在慕尼黑成立。1623年，在三十年战争期间，巴伐利亚公爵马克西米连一世获得选帝侯资格，慕尼黑成为选帝侯驻地。1632年，瑞典军队攻占了慕尼黑。
1634年，黑死病爆发，到1635年，有三分之一的人口死亡。而后，慕尼黑迅速成为巴洛克艺术的中心。
在马克西米里安二世之后，慕尼黑曾被哈布斯堡王朝控制数年。1742年，正在维特尔斯巴赫王朝的巴伐利亚选帝侯查理·阿尔伯特加冕成为神圣罗马帝国皇帝查理七世时，哈布斯堡王朝的玛丽亚·特里萨攻占了慕尼黑。
1745年，查理七世去世，他的儿子马克西米里安三世选择和平发展的道路。1759年，马克西米里安三世建立了该市的第一个学术机构巴伐利亚科学院。1789年以后，拆除古老的中世纪要塞，兴建了英国花园。
1806年，巴伐利亚由公国升为王国，慕尼黑也升格为王都，设有国会（Landtag）以及新成立的慕尼黑-弗赖辛总教区。整个19世纪是慕尼黑迅速发展的时间，人口由5万增加到50万。历代王公大都重视城市建设，建造宫殿，甚至修建整条街道，城市面貌有了改善。1871年德国统一后，慕尼黑仍然作为王都直到1918年。
战争摧残
1914年第一次世界大战爆发以后，慕尼黑的生活变得非常困难。盟国封锁德国，造成食品和燃料严重短缺。第一次世界大战结束后，慕尼黑成为政治动荡的
中心。
1918年11月革命前夕，路德维希三世 (巴伐利亚)全家逃离慕尼黑。
1919年2月，巴伐利亚共和国首任总理库尔特·艾斯纳（Kurt Eisner）被右翼组织图利协会（Thule Gesellschaft）的一名成员Anton Graf von Arco-Valley刺杀身亡（见刀刺在背传说），这时共产党夺取政权，成立了巴伐利亚苏维埃共和国（Bayerische Räterepublik or Münchner Räterepublik）
1919年5月3日，苏维埃共和国被自由军团采用血腥手段镇压下去，共和国政府恢复，慕尼黑随后成为右翼政治的温床。
1923年，希特勒和他的支持者（当时都集中在慕尼黑）发动了“啤酒馆政变”，率冲锋队逮捕了当地的长官，企图推翻魏玛共和国，夺取政权。
1933年，纳粹党在德国掌权后，慕尼黑再度成为纳粹据点。纳粹在慕尼黑西北16公里处的达豪建立了第一个集中营。由于慕尼黑是纳粹兴起的发祥地，纳粹将该市称为“运动首都”（Hauptstadt der Bewegung）。纳粹党总部设在慕尼黑，国王广场附近建有许多领袖建筑（Führerbauten），其中一部分保存了下来。
1938年9月，第二次世界大战爆发前一年，德国、意大利、英国和法国四国首脑希特勒、墨索里尼、张伯伦、达拉第在该市签署了《慕尼黑协定》。
第二次世界大战期间，慕尼黑曾经先后遭到盟军的71次空袭，市区建筑四分之一以上受到破坏，许多地方被夷为平地。
战后重建
1945年，美国占领以后，与其它被战争摧毁的德国城市相比较，慕尼黑按照战前规模重建起来，甚至保持了战前的街道格局。而且新建许多造型独特的建筑，使城市有了进一步发展，并成为德国南部最大的城市。
1957年，慕尼黑的人口超过100万。
1972年，慕尼黑在投票中击败蒙特利尔、马德里、底特律后，主办了1972年夏季奥运会。
