公元七世纪初，唐朝建立起强大的统一政权。雅隆部落的松赞干布在西藏高原实现了统一，正式建立了吐蕃王朝。
吐蕃王朝按照地理自然分布状况，把所辖中部地域划分为“卫、藏”两大部分，依日喀则东西的“藏”区为“耶如”（楚河一带）和“如拉”（今雅鲁藏布上游沿岸），东以岗巴拉山为界，西至冈底斯山（现阿里一部分）。因“藏”区地处雅鲁藏布江上游，于是才有了“后藏”之说。随着历史的发展，界定的“后藏” 区域有所变化。但是，对于桑珠孜区来讲，仍处于这个范围的中心地带。因此，根据历史事实，人们亦习惯于把日喀则称为“后藏”。
日喀则原称“年曲麦”或“年麦”（即年楚河下游的意思），这里虽很早就有人居住，但仍是荒凉之所。
八世纪，吐番王朝的藏王赤松德赞请印度高僧莲花生进藏建桑椰寺，路经日喀则地方，在此修行讲经，并预言雪域高原的中心在拉萨，其次在年麦（日喀则）。十一世纪，萨迦王朝时，年麦已具“城镇” 的雏形。十四世纪初，大司徒绛曲坚赞战胜萨迦王朝，建立了帕竹王朝，得到元、明皇室的庇护，设了十三个大宗溪，最后一个宗便叫做桑主孜（意为如愿以偿，选址在今日喀则），取名为溪卡桑主孜。在宗山建造了宗政府，日喀则始有建置。明正统十二年（1447年），一世达赖喇嘛根敦珠巴（格鲁派祖师宗喀巴的徒弟）在一大贵族的资助下，开始主持兴建扎什伦布寺。扎什伦布寺的建设对桑珠孜区的发展奠定了基础，城市随即以扎什伦布寺为中心逐渐扩展开来。
桑珠孜区噶玛王朝
日喀则的兴盛，还是在噶玛王朝统治西藏的24年间。万历四十六年（1618年），藏巴汗噶玛彭措朗杰以后藏为据点，推翻了支持格鲁派的帕木竹巴政权，建立了第悉藏巴汗地方政权，首府设在桑主孜日喀则。
藏巴汗统治时期，对宗山进行了扩建，使宗山成为西藏境内最雄伟的建筑之一，桑珠孜区一度成为西藏的政治、经济。文化中心，各地游客不断往来，桑珠孜区城廓也得到了不断建设。
桑珠孜区明清时期
明朝崇祯七年（1634年）五世达赖阿旺罗桑嘉措和四世班禅罗桑曲结研究决定遣派专使前往天山南路向蒙古和硕部的贵族首领固始汗求援。崇祯十四年（1641年）固始汗率兵攻人日喀则，统治西藏地方约24年的藏巴汗政权宣告结束。崇祯十五年（1642年）固始汗统治了全西藏，登上汗王宝座，便迎请五世达赖喇嘛到日喀则，将西藏13万户奉献给五世达赖刺嘛，将桑主孜建筑的宫殿全部拆除（木料运回拉萨，以扩建大昭寺和修建布达拉宫），将卫、藏地区行政事务托付给达赖喇嘛的第巴管理。并于崇祯十五年（1642年）建立了由格鲁派管理的西藏地方政权，史称甘丹颇章政权。（因达赖居于哲蚌寺甘丹颇章而得名）。达赖喇嘛居于前藏，固始汗本人率兵驻后藏日喀则（后移驻拉萨）。
由于四世班禅罗桑曲结的杰出贡献，崇祯十六年（1643年），固始汗赐给罗桑曲结“班禅博克多”的尊号。固始汗把后藏十个溪卡，全部献给扎什伦布寺，以作僧众的供养。从此扎寺成为历代班禅的驻锡地，桑珠孜区也就成为后藏的政治、经济和文化的中心。
清宣统二年（1910年）2月由于
治藏政策失误，加之英帝国主义作祟，西藏政局出现错综复杂的局面。英帝国主义通过不平等条约，曾在江孜、亚东设立商务办事处，并相应在这些地方建立了邮政业务。西藏和平解放后，很快废除了帝国主义强加的不平等条约，开始了新西藏的邮政建设。
桑珠孜区和平解放
民国二十九年（1940年）2月5日国民政府颁布命令，特准十四世达赖喇嘛继位；1949年6月3日李宗仁颁布命令，特准十世班禅继位。这一时期，桑珠孜区基本上没有发展。
1951年5月23日中央人民政府与西藏地方政府签订了《中央人民政府和西藏地方政府关于和平解放西藏办法的协议》。
1951年11月15日中国人民解放军进驻日喀则。为便于行政管理，中央在日喀则、江孜分设二个分工委。
1956年4月22日西藏自治区筹备委员会正式成立，在日喀则、江孜分设自治区筹备委员会基巧办事处（相当于地区）。
1959年3月10日，西藏地方政府和上层反动集团，在拉萨全面发动了背叛祖国的反革命武装叛乱。
1959年3月～1961年10月，历时两年多的平叛斗争胜利结束。
1959年3月28日，国务院发布命令宣布解散西藏地方政府，由西藏自治区筹备委员会及各分支机构行使西藏地方政府职权，同时通过了边平叛边改革的决议，日喀则1959年开始民主改革。
1959年5月成立日喀则县人民政府。
1986年12月经国务院批准，日喀则县改为日喀则市（县级市），隶属日喀则地区管辖。
2014年6月26日中华人民共和国国务院批复撤销日喀则地区和县级日喀则市，设立地级日喀则市，日喀则市设立桑珠孜区，原县级日喀则市改为桑珠孜区，以原县级日喀则市的行政区域为日喀则市桑珠孜区的行政区域。
2014年12月1日上午，日喀则市桑珠孜区举行揭牌仪式，这标志着桑珠孜区正式挂牌成立。
