中华大地是气功的故乡，但是，关于气功的起源则说法不一。
有人认为，气功的发现纯属偶然：即当人们神倦体乏之时，伸个懒腰、打个哈欠，闭目安静片刻，顿感精神愉快、疲劳减轻；当人们腰酸腿疼之时，对腰背“自摩自按”，或轻轻拍打一番，马上感到酸痛减轻甚至消退，久而久之，人们从中悟出一套经验，于是气功就萌生了。这种说法有一定的道理。但是，这种推测也有其缺陷，因为世界各族的先民们想必也都有“神倦体乏”或者“腰酸腿痛”的时候；想必他们也曾“伸个懒腰”、“打个哈欠”、或“自摩自按”过，但是为什么他们的民族及其后代没有从中悟出养生之道而直到今天仍停留在“伸懒腰”、“打哈欠”、“自摩自按”的水平呢？
还有人认为：气功是由舞蹈演变而来的。理由是《吕氏春秋·古乐》记载：“昔陶唐氏之始，阴多，滞伏而湛积，水道壅塞，不行其原，民气郁阏而滞着，筋骨瑟缩不达，故作为舞以宣导之。”的确，气功来源之一是舞蹈，因为气功的“三调”（调神、调息、调形）之一——“调形”就有许多优美的动作，而在自发功中更常常可见难度很高的舞步。《庄子·刻意》写道：“吹口句 呼吸，吐故纳新，熊经鸟申，为寿而已矣。此道引之士，养形之人，彭祖寿考者之所好也。”“熊经”和“鸟申”就是极优美的仿生舞蹈动作。舞蹈能愉悦身心，甚至可祛病延年，这都是事实。但此说同样有缺陷：世界各国各地区中同中华民族一样能歌善舞的民族何止千百，他们从春舞到秋，从夏舞到冬，千百年过去了，直到今天也没有舞出个“初步气功”的概念，而为什么只在世界的东方产生了气功学呢？
中华气功学是一门从宇宙整体观、天人合一观、人体生命整体观出发，把人作为整体，把人的“生、长、壮、病、已”整个生命长河作为一个整体，把人与社会的相互关系作为一个整体，把人这个小宇宙与自然界这个大宇宙之间的相互关系作为一个整体，来研究如何使人体生命处于最佳状态的学说。因此，中华气功学的诞生只能是中华古文明滋养的结果。以“阴阳”、“五行”、“八卦”模式为代表的中华古文明整体观是古人在对客观世界（包括人的生命运动）发展、变化规律的长期观察中总结出来的。它指导、推动了中华气功学的发展，而气功学的丰富实践又反过来充实、完善了中华古文明整体观的内涵。因此，中华气功学的发生和发展并非偶然事件，它之所以出现在世界的东方，是因为这里是中华古文明整体观的发源地。
有人以为中华气功发源于中国的宗教。其实，这也是一种误解。虽说中国最早的、土生土长的宗教——道教的典籍富含气功文献，成为不可多得的保存中华气功资料的宝库之一。但是，道教的形成甚晚。最早的原始道教是五斗米道和太平道。五斗米道为后汉顺帝（公元126～144年）时的张陵所创，流行于陕西南部汉中、四川北部巴郡一带。太平道传播者为黄巾起义领袖张角，流行于山东、河北、河南各地。当时道教是政治性很强的民间宗教。在这一时期流行原始道教的经典《太平经》，此书内容庞杂，其中一部分涉及气功，但十分隐晦、神秘。其学术价值远不如大约同期的魏伯阳所著之《周易参同契》。而远在此前的几百年，中华气功研究就已经相当纯熟。秦汉之前，广大华夏地区虽然有过原始的巫教，且巫教的首领巫师也有过很大的权力，但是，巫教始终未能成为华夏民族地区的流行宗教。这一点要归功于古代的道家、儒家所代表的“史官文化”。道家代表人物老子为周史官，儒家代表人物孔子也是位博学多才的史学家。老子说：“道生一，一生二，二生三，三生万物……”，简直把“鬼神”对大自然的造化作用都排除在外了。孔子说：“道无鬼神，独来独往”，认为客观规律（道）同鬼神毫不相干（独来独往）。当孔子的学生子路问如何“事鬼神”时，孔子训斥他：“未能事人，焉能事鬼！”闭口不谈鬼神，赢得了子不语怪、力、乱、神的名声。正是老子的《道德经》和经孔子整理的《周易》，奠定了中华气功学的理论基础。
也有人认为中华气功来源于佛教，是“舶来品”。理由是古印度也有数千年的气功研究历史。然而佛教创始人释迦牟尼涅槃于公元前5世纪，约与孔子（公元前551～前479年）同时，晚于“文王衍《周易》”（公元前11世纪）500年。佛教创立后，只是到了汉明帝永平八年（公元65年，一说永平十年）才传至中土，南北朝（公元420～589年）时才广为传播。而此时中华气功已相当成熟。佛教的东渐和信徒的西游，促进了中印两国文化的交流，也进一步丰富了中华气功宝库，但这只是“流”，而不是“源”。
珍藏于长沙马王堆博物馆的一号汉墓帛画，已有“龙登、鸟申”种种练功方法，姿势栩栩如生。马王堆汉墓相当于文景之际（公元前2世纪），所处时代远在道教创建前300～400年，在佛教东渐前200年。珍藏于天津文物管理处的《行气玉铭》记录着战国初期古人练功要旨45字，更远在马王堆帛画之前200年。
其实，年代更加久远的《老子》，早已深刻讨论了气功的理论和实践。直到今天，《老子》依然是公认的研究中华气功学的纲领性文字。但是，被后世气功家、医学家研究推崇的《易经》，比《老子》的历史更为久远。《史纪·周本纪》记载：“文王拘而衍《周易》。”周文王被殷纣王关押的故事，约发生在公元前1100年，因此，气功的文字史迄今起码也有3000年，远早于道教的形成和佛教的东渐。因此，气功的宗教起源说不可靠，气功起源的舶来说则更加荒唐。中华气功的发源地就在中华。
现传《周易》，包括三部分内容：一为八卦，传为伏羲所作；一为六十四卦卦词和三百八十四爻辞，文王所作；第三部分据说为孔丘注《周易》所作之《十翼》（或认为是孔丘弟子根据孔丘之讲演整理）。看来，周文王只是发展了《易》而不是最早的作者。所以，司马迁强调说：文王“衍”《周易》，而不说文王“作”八卦。“作”是创造，“衍”是发展。《史记·日者列传》说得更清楚：“自伏羲作八卦，周文王演三百八十四爻而天下治。”西汉末杨雄说：“《易》始八卦，而文王六十四，其盖可知也（《言法·问神篇》）。”东汉末，王充也说：“《易》伏羲作八卦，是尚未有卦，伏羲造之，故曰‘作’也。文王图八，自演为六十四，故曰‘衍’（《论衡·对作篇》）。”看来伏羲才是《易》的最早作者。经历代的充实、发展、提高，夏、商两朝的深化，至周文王而集大成。由于《易》对中华气功发展有着重要意义，因此《慧命经》说：“疱牺（即伏羲）上圣画八卦以示人，使万世之下知有养生之道（《大道说》）。”如此说来，约公元前5000年前的伏羲，才是中华气功的鼻祖，而“八卦”则作为最古远的养生之道的模型被推崇。
诚然，佛学和道学曾对气功学的发展有过积极贡献，但早在数百年前，一些著名的气功研究大家就已经指出，出于宗教信仰的需要，道教和佛教对气功的认识有失偏颇：“禅家（即佛家）颛以神为性，以修性为宗，以离宫修订立教，故详言性而略言命；玄门（即道家）颛以气为命，以修命为宗，以水府求玄立教，故详言命，而略言性（《性命圭旨》）。”其实，只要认真翻阅历史，就不难看出，历代气功名家大多并非宗教徒。为后世气功家推崇为“万世丹经之王”的两本经典著作——《周易参同契》、《悟真篇》的作者魏伯阳、张平叔就都不是宗教徒。
退一步说，即使气功学源于佛、道，也不能成为气功学必须迷信的理由。众所周知，中国传统医学的发展过程在春秋之前曾有过一段“医巫同源”的历史，即医和巫是一家。但是，随着科学的发展，医巫不仅分了家，而且“道不同，不相为谋”。战国时期的医学大家，同时也是大气功家的扁鹊就曾经说过，有三种人的病不能治，其中之一就是“信巫不信医”的不能治。两千多年前的扁鹊并没有因为医源于巫而崇巫，毅然同巫决裂，从而取得了伟大成就。我们欣赏道家（不是道教）和佛家（不是佛教）文献中的科学价值，但没有必要因此而去膜拜“玉皇大帝”或出家当和尚。
