东晋元熙二年（420年），大黄圃已涉人迹，初隶番禺，后隶南海。
南宋绍兴二十二年（1152年），大黄圃人口渐稠，田园庐舍已具规模。大黄圃始建制，属古海乡，隶香山县。元沿宋制。
明洪武十四年（1381年）废古海乡，置黄旗都，隶香山县。黄旗都辖村5：黄旗角、潭洲、大黄圃、小黄圃、古镇，设治黄旗角。
明代，钱、石、何、黎、刘、李、孟、张、孔、王、冼、韩、范等十三姓自顺德、南海、番禺、新会等县迁来。大黄圃聚居者日众，逐渐形成灵会坊、鼓楼坊、三社坊、北头坊、岗东坊（即俗称五股）。
清代，黄旗都辖村12个：大黄圃、小黄圃、古镇、黄阁、横档、潭洲、三角、屯饭、月湾、莲塘、太平、安庆，设治大黄圃。大黄圃经济、文化日渐昌盛，形成集市，称大黄圃圩（即今旧城区），成为黄旗都的政治、经济、文化中心。
清宣统二年（1910年），香山县黄旗都改称香山县第九区（又于1930年改称东海区，时间不足一年），香山县第九区行政区域含现在中山市的黄圃、阜沙、南头、三角、浪网、民众六个镇和东凤镇一部分；番禺市的大岗、潭洲、万顷沙、黄阁四个镇；顺德市的小黄圃、高黎两个管理区。当时有沙田4600余顷，人口约十五万。
民国沿清制。
1926年香山县改称中山县。中山县第九区辖镇1、乡12：大黄圃镇、黄阁乡、安平乡、潭洲乡、大岗乡、靖远乡、小黄圃乡、正义乡、三角乡、凤仪乡、文明乡、建国乡、民众乡。
黄圃镇建国之后
1950年4月，中山县第九区析出三角、浪网、民众组建中山县第十区。
1953年3月，中山县第九区改称第十四区，并析出中山县黄圃镇（区级镇）。同月析出大岗、潭洲、万顷沙、黄阁组建中山县第十五区。中山县第十五区于1959年7月改隶番禺县。
1955年8月，中山县第十四区改称中山县黄圃区，黄圃镇仍为区级镇。
1957年2月，中山县第十四区析出南头乡。中山县第十四区余下的行政区域分为黄圃乡、鳌山乡和阜沙乡。
1958年10月，中山县大黄圃人民公社成立，辖原中山县第九区的行政区域。同月划出小黄圃和高黎两行政村隶顺德县。
1959年4月，中山县大黄圃人民公社撤销，以原黄圃乡、鳌山乡和阜沙乡的行政区域建置黄圃人民公社。黄圃镇仍为区级镇。
1961年8月，中山县黄圃人民公社改为黄圃区，下辖五个小公社——黄圃公社、吴栏公社、新沙公社、横档公社、阜沙公社。黄圃镇仍为区级镇。
1963年8月，撤销五个小公社，中山县黄圃区复称黄圃人民公社。黄圃镇仍为区级镇。
1966年8月，中山县黄圃人民公社析出阜沙乡，建置中山县阜沙人民公社。
1968年12月，撤销黄圃镇建制，并入中山县黄圃人民公社。
1974年1月，恢复黄圃镇建制，黄圃镇仍为区级镇。
1983年，中山县撤县建市。11月撤销人民公社建制，中山市黄圃人民公社改为中山市黄圃区。
1986年11月，撤区建镇，原黄圃镇与黄圃区合并，称中山市黄圃镇。
