战国属夜郎国。
晋属夜郎郡。
唐朝时期为降昆县。
宋朝时为和武州。
元朝时于今县境火花罗黎寨置和弘州。
明洪武十年(1377年)置康佐长官司,隶安顺州。
清雍正八年(1730年)于今县城置归化厅,置归化工理苗府,意指苗胞多(苗族)夷胞少(布依族)。故称归化理苗府。后因江汉同胞寓籍日众,名实不符,乃清光绪末年改称归化理民府,“归化”二字意指使苗夷胞“归顺”“造化”。
民国二年(1913年)改厅为县,因“归化”二字含意欠雅,遂以城西有紫云洞,改名为紫云县。
1949-1955年,隶属安顺专区。
1956-1957年,划归黔南布依族苗族自治州管辖。
1958-1960年,撤销紫云县,将县城北部化归长顺县,南部划归望谟县。
1961年,恢复紫云县建置。
1965年,改为自治县。
1966年2月,建立紫云苗族布依族自治县。
2012年,紫云苗族布依族自治县辖5个镇,7个乡,223个村,6个社区、1999个自然村。
辖松山镇、水塘镇、猴场镇、猫营镇、板当镇、白石岩乡、宗地乡、大营乡、四大寨乡、坝羊乡、火花乡、达帮乡。