遗传图谱：某一物种的染色体图谱（也就是我们所知的连锁图谱），显示所知的基因和/或遗传标记的相对位置，而不是在每条染色体上特殊的物理位置。采用遗传学分析方法将基因或其它DNA标记按一定的顺序排列在染色体上，这一方法包括杂交实验，家系分析。标记间的距离（遗传图距）用减数分裂中的交换频率来表示，单位为厘摩Centi-Morgan, cM), 每单位厘摩定义为1%交换率。遗传学图谱的解像度（分辨率）低，大约只能达到100万碱基对(1Mb)的水平。 物理图谱：顾名思义，是DNA中一些可识别的界标（如限制性酶切位点、基因等）在DNA上的物理位置，图距是物理长度单位，如染色体的带区、核苷酸对的数量等 两者异同： ①遗传图谱是基于重组频率，物理图谱是基于直接测量的DNA结构。 ②减数分裂重组的频率并不统一沿大多数染色体。有一些热点和冷点在重组和 /或突变。热点和冷点会导致相当大的格律失真时，遗传图谱和物理地图并排排列时。 ③遗传图谱表示的是基因或标记间的相对距离，以重组值表示，单位CM ④物理图谱表示的是基因或标记间的物理距离，距离的单位为长度单位，如μm或者碱基对数（bp或kp）等。简而言之前者是描述的基因相对位置,后者是具体的碱基位置 二者存在的意义： 通过遗传图谱， 我们可以大致了解各个基因或DNA片断之间的相对距离与方向，如哪个基因更靠近着丝粒，那个更靠近端粒等。遗传图谱不仅是现阶段定位基因的重要手段， 即使在人类基因组全物理图谱建立起来之后，它依然是研究人类基因组遗传与变异的重要手段
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