公元618年前后即隋末唐初时，大运河北段即水济渠流经凉水河中段，那时，马驹桥地区是丰盛的草场，当朝在此放养大量的军马。为了便于管理，对公马、种马、仔马（马驹）分养分牧。马驹桥地区是仔马马场，管理仔马的军民建立了村落取名“马驹里”，“马驹里”紧挨凉水河南岸。当时河上搭设了一座简易的木桥（浮桥）赖以南北通行，此桥因“马驹里”而得名“马驹桥”。
星移斗转，到了明朝英宗年间，“马驹里”已发展成商贾云集的小镇，又加上与地处皇家猎场（海子）的出口枣东红门隔河相望，明英宗朱祁镇狩猎之余，出东红门过马驹桥到马驹里逛街看景，十分消遣。
一年夏季，明英宗狩猎后又出东红门想去马驹里看看。突然间，乌云密布，雷电交加，大雨如注。随行人报：“凉水河水猛涨，冲垮了马驹桥。英宗十分扫兴，转念又想，马驹里如此繁盛，应该修一座像样提桥，方便百姓更方便自己。于是，他对随行的大臣们说：“马驹里修桥，国库无币银可拨，我带头掏腰包，算作办点善事吧。”皇帝出资，大臣们哪个敢怠慢，争相解囊。当时的著名皇家土木巨匠蒯祥愿义务设计。由于是皇帝带头集资，加之蒯祥的设计，一座九孔石拱桥于天顺八年，即公元1465年建成。英宗亲赐“宏仁”桥。可老百姓仍习惯称之“马驹桥”，一些乡绅土豪也模棱两可地叫它“宏仁马驹桥”，桥出了名，马驹里也随之改叫马驹桥镇。
公元1774年，即清乾隆38年，重修马驹桥，改九孔为七孔，桥南侧修桥亭两座，内立乾隆亲书御碑修桥记。现残碑移至通州西海子公园葫芦湖边。
1964年，马驹桥拆毁建水泥大桥，碑亭毁于“文革”。
马驹桥镇地处北京东南郊，通州卫星城的西南，紧邻北京经济技术开发区，是北京市政府确定的郊区重点建设的33个中心镇之一，是北京市总体规划的城镇体系布局中亦庄卫星城的组成部分。全镇行政区域面积88平方公里，辖50个行政村，4万口人。
始建于明朝顺七年的马驹桥，是一个历史悠久的京畿古镇。2001年2月15日经市政府批准为市级中心镇以来，通过充分发挥得天独厚的区位交通优势，制定战略规划，明确发展思路，马驹桥经济和社会各项事业则进入了一个快速发展的历史阶段。两个市级开发区--北京国家环保产业园区、北京通州物流产业园区在镇内全面启动，更是赋予了马驹桥无限的发展潜力。未来的马驹桥将不是一般意义上的农村小城镇，而是首都现代化国际大都市的近郊和卫星城的组成部分，承担着市区和卫星城延伸的部分城市功能，成为带动农村发展、加快农村城市化进程的一个典型窗口。
在规划中的亦庄新城地区，更值得多说几句的是其南部的马驹桥。马驹桥是北京东南郊的一个大镇，西北距北京旧城40里。这里有一条大河，今名凉水河，实为魏晋北朝时期和元明时期的永定河故道。河上原有渡口。历史上“凡外郡畿内之人自南而来者，东西二途胥出此渡。车之大而驾者，小而挽者，物类之驮者，人之有肩负者、骑者、步者，纷纷络绎，四时不休。”由此可见，经过这里而进出北京的路上是十分繁忙的。为了方便行旅，当地有钱有势的人便在河上架起木桥，称马驹桥。为什么叫马驹桥，文献未载，难以说清。但是简易的木桥往往被夏秋的大水冲垮，所以每年冬春都要架一次木桥，费时费力。为了一劳永逸，明天顺七年（1463年）动用国库银两在这里修建了一座长25丈、宽3丈、下有九孔、上有雕栏的大型石桥，英宗皇帝赐名“宏仁桥”，显示这是一项宏大的仁政工程。同时在桥东头建了一座碧霞元君庙。每年的阴历四月初八日是元君诞辰，届时京城士女竞相前往进香。进香的人皆头顶一尊元君像，背负着楮锭即纸钱，有的走一步即拜一次，一路上步步叩拜，走三天才能到庙上。有的走五步一拜，或十步二十步一拜，走一天即到了。沿途旗幡飘扬，锣鼓声噪，十分热闹，足见这座碧霞元君庙的香火之盛。明清时期北京城四郊有五座碧霞元君庙，俗称“五顶”，即东直门外东顶，德胜门外北顶，蓝靛厂西顶，大红门外南顶，草桥中顶。也有说南顶就是宏仁桥头的碧霞元君庙。为什么碧霞元君庙在北京称“顶”呢？这大概与北京进香的人头上都顶着一尊碧霞元君像有关系，或者是碧霞元君在北京被尊为“泰山顶上天仙圣母”的缘故。清乾隆年间，对宏仁桥和碧霞元君庙又重新修葺，桥改称马驹桥。正是因为马驹桥是进出北京的大道之一，又有香火极盛的碧霞元君庙，所以在这里形成一个大型村落，这就是马驹桥镇，今属通州区。
原先马驹桥是作为亦庄第二生活区提出规划，后来大兴和开发区合并，发展方向转向西南，开始发展大兴区域，由此马驹桥就边缘化了。
如果将眼光放得稍远些，我们则可看到亦庄不仅拥有明清皇家苑囿南苑的地利，而且这里背依京城、朝阳区，面向青云店、安定，东瞻通州，西望大兴。这些地名都令人浮想联翩，心怀憧憬。“京”者，高冈也，大也；“朝阳”者，有无限生命力也；“青云店”，青云直上也；“安定”，安稳无虞也；“通州”，通顺畅达也；“大兴”，兴旺发达也。这些地名都含蕴吉利之义，寄托人们的美好意愿。
