1996年4月22日,国务院批准(国函[1996]29号)同意调整长沙市行政区划;行政区划调整后,雨花区辖原南区的左家塘、候家塘、井湾子、圭塘、南大路5个街道,原郊区的的黎托、洞井、雨花亭3个乡,区人民政府驻人民路4号。
1996年6月19日,长沙市人民政府《关于调整市辖区行政区划的通知》:雨花区辖原南区左家塘、候家塘、井湾子、圭搪4个街道,原郊区黎托、洞井、雨花亭3个乡(不含石人、新开、渔场3个村)和马王堆乡的五一、火焰、友谊、高桥4个村。区人民政府驻人民路4号。行政区域四至范围:东面以黎托乡与长沙县聚梨镇、黄兴镇、跳马乡乡界为界;南面以洞井乡与长沙县跳马乡、暮云镇乡界为界,西面以芙蓉路(识字岭起)至新中路、韶山路、中意路至洞井乡与大托乡乡界为界,与天心区接壤;北面以人民路(识字岭起)至花桥及浏阳河为界,与芙蓉区毗邻。
2005年底,雨花区辖8个街道、1个镇、1个乡:侯家塘街道、左家塘街道、圭塘街道、砂子塘街道、东塘街道、雨花亭街道、高桥街道、井湾子街道、洞井镇、黎托乡。区人民政府驻人民路4号。
2010年,经湖南省民政厅和长沙市人民政府批准,雨花区撤销洞井镇、黎托乡,设立洞井街道、黎托街道。12月31日,洞井、黎托2个街道办事处正式挂牌成立。
2012年1月1日,根据《长沙市人民政府办公厅关于析置雨花区洞井、黎托街道并启用井湾子街道的通知》,雨花区将洞井街道析置为洞井、同升两个街道,将黎托街道析置为黎托、东山两个街道,同时启用原与雨花亭街道合署办公的井湾子街道,将雨花亭街道拆分为雨花亭、井湾子两个街道。
2015年1月14日,原属长沙县的跳马镇划入雨花区。