清代,属吉林将军伯都讷副都统辖地,副都统驻伯都讷城。伯都讷城是清初“边外”(柳条边)七大军事重镇之一。
清康熙二十一年(1682年),设立伯都讷站,是宁古塔将军境内西部通往齐齐哈尔城的重要通道。
清康熙三十二年(1693年),在伯都讷驿站南20里处建新城,名伯都讷新城(今扶余镇),添设伯都讷副都统专城驻防。
清嘉庆十六年(1811年),设置伯都讷厅,驻伯都讷新城,同时设分防巡检一员,驻孤榆树屯(今榆树市),隶属伯都讷厅。
清光绪三十二年正月二十二日(1906年2月15日),伯都讷厅升改新城府,驻新城,与伯都讷副都统同城;孤榆树屯巡检改设榆树县,由新城府领。翌年4月,裁将军,改隶吉林行省西北路道。
1909年6月2日(清宣统元年四月十五日)批准,裁撤伯都讷副都统。
中华民国成立后,民国二年(1913年3月),改为新城县。隶属吉林省西北路道。
民国三年(1914年2月),因与河北、山东等省新城县重名,奉令改称扶余县。同年6月,西北路道改称滨江道,隶属滨江道。
民国十八年(1929年2月),废止道制,由吉林省直辖。
民国三十四年(1945年11月),东北人民自治军嫩江纵队长白支队进驻扶余,民国三十五年(1946年2月),成立扶余县政府,隶于西满局吉江区行政主任公署。
1949年4月,经东北政委会决定,划归吉林省。中华人民共和国成立后,扶余仍属吉林省。
1955年2月,属吉林省怀德专区;1958年11月,划归白城专区。
1987年11月,撤县变为扶余市(县级),仍隶于白城地区。
1992年6月,成立松原市,扶余市改为松原市扶余区,隶属松原市。
1995年7月,经国务院批准重新设立扶余县,县政府驻地设在三岔河镇,仍隶属松原市。
2013年1月24日,经国务院批准,撤销扶余县设立扶余市(县级),由吉林省直辖、松原市代管。