汉元鼎六年（公元前111年）首设高要县，以今端州城区为县治，一直沿袭至1988年（是年高要党政机关迁往南岸）。
自南朝梁开始至辛亥革命前，本地为郡治、州治、府治、路治。梁天监六年（公元507年），为高要郡治。
隋开皇九年（公元589年）设立端州，为州治。
宋元符三年（1100年），端王赵佶（宋徽宗）登帝位，将端州升格
为兴庆军。重和元年（1118年）改称肇庆府，为府治。
元至元十六年（1279年），肇庆府改为肇庆路，为路治。
明洪武元年（1368年），肇庆路复称肇庆府，其后至
不变。明嘉靖四十三年（1564年）至清乾隆十一年（1746年），两广总督府驻肇庆（其间1632年迁广州，1636年迁回），本地成为岭南或大西南军事政治中心。
清顺治三年（南明隆武二年，1646年），桂王朱由榔在本地监国、称帝，以肇庆府署为行宫。端州成为南明政权首都。
端州历史上多次成为岭南或大西南，以及西江流域军事指挥机关所在地以及驻军之所。
民国期间先后驻扎肇军、国民革命军第四军、叶挺独立团等军队。
1949年11月20日，肇庆从高要县划出，建立肇庆市（县级）。隶属广东省西江专员公署管辖。市政府机关驻肇庆市城中路（现市第十五小学部分地方）。
1950年3月8日，撤销肇庆市，恢复原建制，隶属高要县。县市合并后，原肇庆市改为高要县城关区，建立城关区公所。是年9月城关区改称高要县肇庆镇，建立镇人民政府。
1958年3月，中共高要地委批准第二次组建肇庆市人民委员会。同年4月12日，肇庆镇正式改制为肇庆市。隶属广东省高要专区。中共肇庆市委、市人委机关驻地在肇庆市牛皮路3号（即忠勇路86号，今宝月路1号）。
1958年10月4日，中共高要地委决定，将高要县和肇庆市合并，对外暂时仍保留肇庆市，内部则由高要县统一领导。12月6日，肇庆市再次撤销。
1959年3月31日，原肇庆市改称江门专区高要县肇庆镇。
1961年4月10日，恢复肇庆市（县级）建制，隶属肇庆专区领导。市人委机关驻地在肇庆市江滨二马路7号。
1988年1月7日，国务院批准撤销肇庆地区，将肇庆市升格为地级市，原肇庆市改为肇庆市端州区。
1988年3月2日，肇庆市端州区党政机关挂牌办公。
