《读史方舆纪要》卷21凤阳府寿州蒙城县：涡阳城“在县东北，以涡水经其南而名”。涡阳故地，古名下城父聚。秦汉之际，隶铚和城父、山桑等县，属泗水郡、焦郡、沛郡。西晋永嘉乱后，淮北各地沦为战场，城邑毁坏严重，州郡建置易地频仍。北魏孝文帝在南焦郡置涡州，后又置涡阳郡和涡阳县，后废。
涡阳得名虽自北魏始，但当时之涡阳在今蒙城县北，不在现今的位置。真正意义上的涡阳，应追溯到此前的1864年，由清朝设立县治，迄今已有140年的沧桑历史。
1852 年(清咸丰二年)，颍州、宿州两地饥民遍野，更兼太平军北伐节节胜利，民愤激扬。同年十月，捻军首领张乐行率众在亳、蒙间之雉河集起义，杀官吏、占城池，转战山东、江苏、安徽等数省，沉重地打击了清王朝的统治。
1864 年(同治三年 )，安徽巡抚唐训方，令布政司英翰奏以“雉河集为蒙、亳接壤之区，距城较远，以致强寇叠起，屡抚屡叛，非添设州县，教养兼施，不足以资弹压而移风化。今拟于雉河集添设县城一座。”同治三年元月，英翰奏上。不久，上谕：“皖北……如有应行添设州县，着与僧格林沁面商，并咨会曾国藩妥筹具奏”。僧格林沁就增设新县一事，咨两江总督曾国藩：“所有蒙、亳、宿、阜，其间人稀地广。在捻匪未叛之先，地方已难兼顾，以致盗贼充斥。而现在贼氛甫灭，更宜倍加防范。查雉河集为蒙、亳、宿、阜居心之地，相距约在百里以外，应遵圣谕，添设州县，方足以资治理”。旋曾国藩函复会同具奏。 时唐训方已去职，新任安徽巡抚乔松年即札谕布政司英翰会同按察司委派候补知州王峻会同蒙城、亳州、宿县、阜阳四州县实地勘查割界，规划设县事宜。报经署理布政司何耀，署理按察司李文森详审后，由两江总督曾国藩、安徽巡抚乔松年会衔具奏，并请钦定县名，或名以古之“涡阳”。复经军机大臣会同吏部妥议后，奉旨于雉河集添设县治，赐名“涡阳”。分蒙、亳、宿、阜四州县相连之区以隶之。 选择官员，妥为抚驭。同年，从亳州东部划出十三保九十六圩，从阜阳北部划出四集二十五圩，从蒙城西部划出十五保四十五圩，从宿县南部划出机集四十六圩，成立新县。 以原雉河集为县治。属颍州府。
1913 年(民国二年)，废颍州府，县境属淮泅道。不久，在颍州设阜阳专署，辖涡阳县。
1940 年元月，为加强抗日根据地建设，豫皖苏边区成立由共产党领导的涡北县，辖原涡阳县下属的丹城、义门、龙山三个区，计 15 乡。一九四四年九月，改涡北县为雪涡县。下辖十个区，属原涡阳县境的有曹市、青町、龙山、丹城、吴桥、雪枫、义门等七个区。
1946 年秋，于县境西部建涡毫县，原属涡阳县境的有临湖、花沟两个区。
1947 年冬，在县境南建涡阳县。原属涡阳县境的有店集、花沟、西阳、张村、楚店、江集、路集、双庙等八个区，计 886 个行政村。
上述雪涡、涡阳、涡亳三县隶属共产党领导的皖北专员公署第三分署。
一九四九年三月，划三县原涡阳县境，仍并为涡阳县。
一九六四年，划县市郊间集、张村、江集三区归新设之利辛县。涡阳县属安徽省阜阳专署。
十年内乱初期，废专员公署，设地区革命委员会;1979 年，撤销地区革委会，恢复阜阳行政公署，仍辖涡阳县。
2000年5月，涡阳复又归属古谯郡，今之亳州 。
