秦统一中国（公元前221年）后，未设县，地属九江郡，西楚（公元前206年）属九江国。
西汉，在县境设安风县（治所在今邵岗乡许集村）、阳泉县（治所在今临水集）属淮南国九江郡。又在现霍邱固始之间设蓼县（治蓼故城）、安丰县（治所在固始县东南）、雩娄县（治所在固始县黎集附近），归属如前。武帝元狩二年（公元前121年）封淮南康王幼子刘庆为六安王，以此五县归其辖。后又在现县城北设义城县，不久废。
东汉因之，建武十年（公元34年），六安国省，以其县属扬州刺史部庐江郡。
三国为魏扬州地，属庐江郡。文帝分庐江郡设安丰郡（治安风故城），以蓼、安丰、雩娄属之。
西晋因之，改属豫州安丰郡，以阳泉属扬州庐江郡。
东晋安帝时省安丰郡，迁安丰县于原郡治所，属弋阳郡，其余县皆不见记载。《晋书·地理志》：“胡寇南下，百姓皆渡江，县多废。”
南朝·宋设安丰县，复设雩娄县属安丰郡，又分安丰郡立左边城郡。齐因之。梁大同元年（公元535年），徙旧安丰于霍邱城置安丰州，又立决口县（后改临水县治所在阳泉故城）。
自西晋以后，南北分裂，霍邱县境域时南时北，郡县废置无常。宋明帝泰始三年（公元467年）入魏。魏文帝太和二十三年（公元499年）设安丰县属霍州安丰郡；宇楼县属霍州西边城郡。南齐曾一度归南朝。东昏侯永元三年（公元501年），复入魏。梁武帝天监五年（公元506年）入梁。大同元年置安丰州，属豫州霍邱戍。太清三年（公元549年）入东魏，安丰郡废。
隋开皇八年（公元588年），县境设安丰（治所在霍邱寿县之间，现安丰塘附近）。开皇十九年（公元599年）始设霍邱县（治现城关），属淮南郡，安丰等县均废。
唐高祖武德四年（公元621年），属淮南道，并于霍邱县置蓼州，别置松滋县于县治西40里沣河西岸高家埠。霍邱、松滋均属蓼州。武德七年（公元624年），蓼州和松滋县均废，仍属寿州。贞观初属寿春郡。神功元年（公元697年）改霍邱县为武昌县，属淮南道寿春府。景云元年（公元710年），复名霍邱县，属淮南道寿春郡。至德元年（公元756年），属淮南镇寿春郡。此后县名无变。
五代时期，先属吴，后属南唐寿州。
北宋，开宝末年（约公元976年），属淮南路寿州。熙宁中（约公元1073年），属淮南西路寿春府。
南宋，建炎三年（公元1129年），一度归金，绍兴十二年（公元1142年），属淮南路安丰军。三十二年，属淮南西路寿春府安丰军（后改寿州）。
元，至元十年（公元1273年），属河南江北行中书省安丰路总管府，后曾置淮南行省，寻废。至正中（公元1355年前后），复置，霍邱属之。
明，洪武四年（公元1371年），属南直隶中都临濠府（凤阳府），后属江南行省凤阳府寿州。
清，顺治二年（公元1645年），属江南省凤颍六泗道寿州。康熙六年（公元1667年），属安徽省凤阳府寿州。雍正二年（公元1724年）。属安徽省颍州。十三年（公元1735年），升颍州为府，霍邱县属安徽省颍州府。
民国1年（1912）8月，属安徽省第四区（驻阜阳）。
民国3年（1914）6月至16年4月，属安徽省淮泗道。
民国18年（1929）12月，中国共产党在白塔畈领导农民暴动；民国20年（1931）2月成立霍邱县临时革命委员会（后称县苏维埃政府）。
民国21年（1932）6月，县苏维埃代表会决议改霍邱县为红城县，属鄂豫省皖西北道区。红军撤出县境后，被国民政府恢复原县名。
民国21年（1932）10月，属安徽省第四行政督察区。27年（1938）10月，属安徽省第七行政督察区。29年（1940）4月，属安徽省第三行政督察区。
民国36年（1947）9月，晋冀鲁豫解放军第二纵队政治部决定成立南霍固县（治叶集），辖一镇四区，一个月后撤销。
民国36年（1947）10月，中共鄂豫区党委和行署决定在霍邱县西部、南部和金寨北部及固始东北部，分置霍邱、霍固两县，属鄂豫区一分区。
民国37年（1948）6月，撤霍邱县并入霍固县，增设三河尖市（县级），同属鄂豫区一分区。
1949年1月，霍邱解放，1949年10月，中华人民共和国成立。
1949年2月1日，撤霍固县，以原霍邱县区域恢复霍邱县，归属如前。5月改属皖北行政区六安专区。
1952年皖南、皖北两行政区撤销，建安徽省，霍邱县属安徽省六安专区。
1971年3月，六安专区改名六安地区，霍邱县仍属之。
2016年，设立六安市叶集区。原霍邱县的叶集镇、三元镇、孙岗乡划归叶集区管辖。
