根据《圣经》记载，在以色列人入住耶路撒冷之前，曾有许多民族 - 包括亚摩利人和赫人在这里混居 。当以色列人进入迦南的时候，一支迦南部落——耶布斯人住在今天耶路撒冷附近（称为耶布斯）。以色列人的犹大支派征服了耶路撒冷城，而由便雅悯支派占领该城，与住在城内的耶布斯人和平共存。
大约在前1000年，大卫王率领以色列人征服了该城，向南扩建了城市，并定都于此，并更改成今天的名称Yelushalayim（耶路撒冷）。他把约柜迁到耶路撒冷，并为约柜建立会幕，他还想进一步建造圣殿，却被耶和华的先知拿单所阻止。
第一次十字军战争是200年间，十字军东方战争中唯一对穆斯林取得胜果的战事，夺占耶路撒冷圣城，夺回主的圣墓，在当时的西方基督教世界引发了空前轰动，也是乌尔班二世至死未曾想象过的完美大捷。自然，它受到了整个基督教世界累世的传诵，众多随军教士及后世的教会编年史家都在竭力记述此役，赞美基督大能，如神迹般传诵。同时，这场战争及其后拉丁东方的建立，更是影响了整个东地中海格局，如一石激起千层浪，受到各方的强烈关切。拜占庭、亚美尼亚、突厥人、阿拉伯人，各种宗教背景、不同地位出身的史家都在著述陈辞，详述此事，以资借鉴反思。第一次十字军战争无疑是中世纪记载最为丰富、史料最为充分的历史事件之一。
耶路撒冷的大体历史
公元前20世纪前后，闪米特族的迦南人定居在巴勒斯坦的沿海和平原。
公元前13世纪菲力斯人在沿海建立国家。
公元前13世纪末希伯来人各部落迁入定居。
公元前11世纪犹太人建立希伯来王国，后亚述、巴比伦、波斯等外族都曾占领巴勒斯坦。
公元前1世纪罗马共和国侵入，绝大部分犹太人流亡世界各地。
公元7世纪成为阿拉伯帝国的一部分。阿拉伯人不断移入，并和当地土著居民同化，逐步形成了现代巴勒斯坦阿拉伯人。
1099年十字军攻陷耶路撒冷建国，由封建领主建立起来的法兰克式的封建国家。
1174年著名的耶路撒冷传奇国王，鲍德温四世即位，后于1185年因麻风病英年早逝，年仅24岁。
1187年9月2日，在萨拉丁的进攻下，耶路撒冷守军投降，萨拉丁选在登霄节这一天进入耶路撒冷，以纪念先知穆罕默德在耶路撒冷登霄。
二战后，犹太人大量从其他地区迁入，同时驱逐巴勒斯坦人，改变了当地的人口成分。
在1948年以前，耶路撒冷主要是巴勒斯坦人为主，城市也由巴勒斯坦人所控制。随后几年里英国开始资助犹太人向巴勒斯坦移民，耶路撒冷的犹太人数量开始增加。
1948年，巴以分治，耶路撒冷划到巴勒斯坦境内。随后战争爆发，以色列入侵并占领了西耶路撒冷，东耶路撒冷处于约旦的管理之下。以色列定都特拉维夫。
1967年，第三次中东战争以色列侵略并占领了整个耶路撒冷，并强迫当地的巴勒斯坦人离开巴勒斯坦，形成了巴勒斯坦难民。
1980年，以色列国会立法确定耶路撒冷是该国“永远的和不可分割的首都”。但是，除了美国以外没几个国家承认耶路撒冷是以色列的首都，认为该市的最终地位尚未确定，有待以色列和巴勒斯坦双方谈判决定。大多数国家都将大使馆设在特拉维夫。而1988年巴勒斯坦自治政府也宣布耶路撒冷将是未来巴勒斯坦国的首都。因此，耶路撒冷仍然是巴以冲突的中心。
耶路撒冷圣殿时期
大卫的统治结束于公元前970年，他的儿子所罗门继承了王位。在《圣经·列王纪上》第五章至第六章记载，所罗门在即位后第四年开始，花费七年时间在城内建造了第一座圣殿。所罗门圣殿所在的地方是最后确知的约柜所在的地方，后来在犹太人历史中一直具有重要地位（在一定程度上对基督教也很重要），也是犹太人崇拜的焦点。这座圣殿采用来自推罗（Tyle）的岩石及香柏建造，成为当地最重要的礼拜地，并取代了其他地方的祭坛。到“第一圣殿期”末，这座圣殿成为全国唯一的宗教场所和朝圣的中心。
此后的400年（直到前586年所罗门圣殿被毁），后来称为第一圣殿时期。这一时期开始于所罗门去世（前930年），北方10个支派分裂出去，成立了以色列王国（首都位于撒马利亚）。在大卫和所罗门后裔的统治下，而耶路撒冷仍然是南方犹大王国的京城，长达300多年。前722年，亚述征服了北方的以色列王国。前597年，巴比伦国王尼布甲尼撒二世攻破耶路撒冷，年轻的国王约雅斤和大多数贵族均被掳到巴比伦囚禁（史称巴比伦之囚）。在西底家的领导下，耶路撒冷反抗巴比伦的占领，前586年，尼布甲尼撒二世占领并摧毁这座城市，城墙被毁，圣殿被焚，圣殿中大批的金银器皿则被带到巴比伦。
前538年，巴比伦之囚50年后，波斯帝国居鲁士大帝灭亡巴比伦，允许犹太人回到犹太地重建耶路撒冷圣殿，圣殿重建工程在前516年（大流士一世在位第六年），也就是第一圣殿被毁70年后完成。接着，尼希米又重新修建耶路撒冷城墙，使城市又恢复了繁荣。此后600年间，犹太地先后是波斯、希腊和罗马的一个省份，耶路撒冷则是犹太省的首府。在罗马统治的前期，曾委任代理王大希律王进行统治。大希律王在位时扩建了圣殿。公元6年，犹太地直接归属罗马统治 。公元70年，一次反抗罗马的起义失败后，罗马军队拆毁了圣殿（只剩下部分墙基，即西墙）。犹太人再次起义，最后在135年，罗马皇帝哈德良派兵包围并夺取了该市；作为惩罚措施，下令在希伯来历埃波月九日，即耶路撒冷遭巴比伦和罗马军兵两次攻陷的周年记念日（恰巧是同一日），将耶路撒冷彻底铲平，在原址新建罗马城市爱利亚加比多连（Aelia Kapitolina），圣殿山上另建罗马神庙；同时将所有犹太人赶出巴勒斯坦，禁止犹太人在耶路撒冷居住。
耶路撒冷宗教圣地
耶路撒冷在3个亚伯拉罕宗教— 犹太教、基督教和伊斯兰教以及其他许多较小宗教团体，如巴哈伊教中扮演重要角色。2000年耶路撒冷统计年鉴显示，该市市内拥有1204座犹太会堂、158座教堂和73座清真寺。不过，耶路撒冷即是宗教之间和平共存的港湾，也引起许多争论，特别是关于圣殿山。
自从前10世纪，所罗门圣殿在耶路撒冷建成，耶路撒冷一直是犹太教信仰的中心和最神圣的城市。耶路撒冷对于犹太教的象征价值始终未变。被毁前的耶路撒冷圣殿内的至圣所藏有约柜，是犹太教最神圣的所在，只有大祭司一人才有资格一年一次进入至圣所。而以色列全体男丁必须一年三次来到耶路撒冷，过宗教节日。今天，全世界的犹太会堂祈祷时仍要面朝耶路撒冷，建筑如果可能也设计成朝向耶路撒冷，朝向至圣所所在的地方。今天，西墙，作为第二圣殿的残迹，是犹太教除圣殿山以外最神圣的地点。
基督教尊敬耶路撒冷，不仅是因为它在旧约中扮演的角色，也是因为它在耶稣一生中的意义。根据圣经记载，耶稣在出生后不久就被带到耶路撒冷,后来他又洁净第二圣殿。耶稣最后晚餐的地址位于锡安山，紧靠大卫墓。耶路撒冷另一个重要的基督教遗迹是各各他，就是耶稣被钉十字架的地方。约翰福音只是说这地方位于耶路撒冷城外，但最近的考古证据显示各各他位于距离耶路撒冷旧城城墙不远处，就在今天城市范围之内。该地被圣墓教堂占用，过去2000年间，各各他一直是基督教的一个首选的朝圣地点，老城街头也常有朝圣者重走耶稣上十字架前所走的“苦路”（14站）。
耶路撒冷通常也被认为是伊斯兰教的第三圣地。 在麦加之前，耶路撒冷就是穆斯林祷告的方向。在620年穆罕默德的夜行登霄（穆斯林相信穆罕默德在一个夜里奇迹般的从麦加来到耶路撒冷圣殿山，升到天堂，会见早先的先知们）之后，耶路撒冷长期被穆斯林控制。《古兰经》17章1节记载穆罕默德夜行前往耶路撒冷的事迹今日耶路撒冷圣殿山上2座清真寺都为纪念这一事件——在古兰经中提到的是阿克萨清真寺，而穆斯林相信穆罕默德夜行登霄的登霄石就在圆顶清真寺。
耶路撒冷城位于巴勒斯坦中部的犹地亚山，东近死海，西临地中海沿岸平原，面积109平方公里(1967年)，海拔720-790米，人口56.71万(1993年底)。耶城由旧城和新城两部分组成。1860年前，旧城由呈等边四边形城墙围绕，城内分犹太人、穆斯林、亚美尼亚人和基督教徒四个居民区。
公元前1028年，扫罗王及其继承人大卫王将各部族联合成一个民族。公元前1004年大卫王将首都建在这里，并把约柜移置至此，从此确立了耶城在历史上的特殊地位。大卫王之子所罗门王在这里建了犹太人的第一圣殿。
这之后近3000年的漫长岁月之中，在外国占领和统治下，耶城历尽磨难和沧桑，几经兴衰。有些统治者在此大兴土木，有些统治者进行掠夺和破坏。亚述人、巴比伦人、波斯人、希腊人、罗马人、拜占庭人、阿拉伯人、十字军、马穆鲁克军、土耳其人、英国人等均作为征服者在此行使过统治者的权力，少则几十年，多则几百年。
他们积极确立本民族的势力范围，努力传播自己的文化和宗教影响。但前进的历史车轮辗碎了侵略者的美梦，耶城在劫难中逐渐成长、壮大，成为举世瞩目的历史名城。
耶路撒冷是犹太教的发祥地和教徒们心目中最圣洁的地方，是该民族历史的见证和民族复兴的象征。
旧城内锡安山上的西墙是公元70年遭罗马帝国摧毁的第二圣殿残留的遗迹，原第二圣殿庭院西侧的围墙，是犹太教徒的朝圣地。相传罗马人占领此城时，犹太人每逢安息日常来西墙下哭泣哀悼，以寄托对故国的哀思。此后，各地犹太人亦常来此嚎哭，故又称“哭墙”。该墙已成为阿克萨清真寺西院墙的一部分。此外，还有著名的大卫塔、圣安妮教堂、圣雅各教堂等具有浓郁东方色彩的建筑和众多的古犹太会堂等。
耶路撒冷又是是基督教的圣地据传，基督教创始人耶稣被其12门徒之一的犹大出卖后，被犹太祭祀长和守殿官并长老拿住，罗马帝国犹太省执政官彼拉多判无该死的罪后，迫于犹太民众和宗教人物的压力将耶稣钉死在耶城外的十字架上。《圣经》称，耶稣去耶路撒冷仅仅是遵照上帝的旨意，为救赎世人之罪而死。但他死后复活，40天后升入天堂，重又回到了上帝的身旁。耶路撒冷是耶稣一生中在最关键的时刻度过的地方。
对基督教来说，耶稣是上帝的儿子，是上帝赐予人类的救世主。耶稣被钉死的受难地，最后一次晚餐餐室、罗马皇帝君士坦丁一世之母海伦娜太后于公元335年巡游耶城时在耶稣墓地上建造的圣墓教堂等等，均是世界基督教徒心目中的圣地。
耶路撒冷自7世纪后又成为仅次于麦加、麦地那的伊斯兰教第三圣地。相传伊斯兰教创始人穆罕默德52岁时，在一个夜晚被天使从梦中唤醒，骑上一匹银灰色人头牝马，追随天使从麦加来到耶路撒冷，脚登一块岩石，升上“七重天”。在接受“天启”后，于黎明返回麦加。用这块圣石萨赫莱(阿拉伯语意为岩石)命名的清真寺坐落在旧城东部锡安山台地上的26万平方米的圣殿区里。该寺建于公元668-691年，结构严紧，色彩绚丽，造型美观。圣地南端有座建于公元709年的宏伟的阿克萨清真寺。“阿克萨”阿拉伯语为“极远的”意思，来源于传说中的先知穆罕默德的那次神游。该寺的建筑风格比较独特，没有一般清真寺中所必备的宣礼塔。在伊斯兰教寺院中，该寺仅次于麦加圣寺和麦地那先知寺，堪称第三大圣寺。
1965年，以色列在耶路撒冷城又建起一座以色列国家博物馆。该博物馆由工艺美术品展馆、犹太人与人种史展馆和美术品展馆等部分组成。在这里保存着包括著名的《死海古卷》(亦称“死海古羊皮纸卷”、“死海书卷”)在内的极为珍贵的《圣经》手稿。
1988年建立的耶路撒冷历史大卫塔博物馆，收藏着第一圣殿时期以来的文物，是自迦南人开始至今4000余年的耶城历史的再现。
“耶路撒冷”在希伯莱语中意为“和平之城”。它是巴勒斯坦地区的第一大都市，全国政治、经济中心，多种文化与民族的聚集地。这里的建筑物集东西方建筑艺术之精华，具有跨越几个历史时代的建筑风格。众多的历史文物、宗教遗址和各种古迹，经历代文人墨客的渲染，给耶城披上了浓厚神奇的宗教色彩，似乎这里的一石一砖一墙一柱都在向过往的游人诉说着已逝去的久远年代的故事。
如今的耶路撒冷城有发达的工业、先进的医疗与科研机构。全国最大的高等学府、藏书最多的图书馆，和新建的博物馆也在耶城。除此之外，该城还有很多珍禽异兽的动物园、自然保持区和面积达800公顷的林区等。与庄严肃穆的圣地形成鲜明对照的是繁华的商业区，琳琅满目的商品陈列于街道两旁的商店橱窗内，吸引着来自世界各地的旅游者、观光客。这座古老而又现代的城市，是一座东西方文明交融的城市，是充满神秘、令人屡发幽思的城市，但愿它随着中东和平进程的步伐，克服争执，成为名副其实的和平之城。
1981年，耶路撒冷旧城及其城墙被列入世界遗产名录之中。
耶路撒冷控制权转移
4世纪，罗马帝国皇帝君士坦丁一世控制该市期间，耶路撒冷变成了一个基督教中心，建造了圣墓教堂。当时，虽然仍然禁止犹太人居住耶路撒冷，但他们已经开始在每年的埃波月九日来到西墙前哭泣。在罗马帝国分裂后的拜占庭帝国统治下，这座城市在基督教势力中得到了很好的保护。当时在宗教方面相对宽容，从5世纪开始，犹太人重新被允许住在耶路撒冷。
638年，阿拉伯帝国的第一个征服目标就是耶路撒冷。虽然《古兰经》中从未提到过耶路撒冷，但伊斯兰传统认为，先知穆罕默德是在耶路撒冷升天接受《古兰经》的。于是，在691年，阿拉伯哈里发阿布杜勒·马里克在登霄石，即圣殿山圣殿的原址上建造了圆顶清真寺（萨赫拉清真寺）。传说在这个地方亚伯拉罕准备以他的儿子作奉献祭，犹太人认为他奉献的是小儿子以撒(Isaak，又译易司哈格)，穆斯林认为他奉献的是大儿子伊希梅尔(Isimael，又译以实玛利或依市玛耳)。三个世纪后他们又在这里建造了阿克萨清真寺。在穆斯林统治初期，在宗教上比较宽容，住在耶路撒冷的基督徒和犹太人在缴纳人头税后，可以获得自治权。但11世纪初，埃及的哈里发下令摧毁耶路撒冷所有的基督教堂和犹太会堂。
1099年，第一次十字军包围了耶路撒冷，一个多月后的7月15日，耶路撒冷被十字军攻占。十字军进城后，屠杀了城内大多数穆斯林和犹太人。
此后到1291年，十字军建立了耶路撒冷王国，穆斯林不准入城。1173年，一个来到耶路撒冷的人写说，耶路撒冷是一座小城市，充满了东正教教徒、亚美尼亚人、希腊人和格鲁吉亚人，只有200名犹太人住在城市的一角。1187年，埃及穆斯林君主萨拉丁又重新占领了耶路撒冷 。
1219年，大马士革的苏丹下令将城墙销毁，1228年-1229年，神圣罗马帝国皇帝腓特烈二世组织了第六次十字军东征，通过与埃及签定条约，得到耶路撒冷。
1239年，他开始重建城墙，但不久它们又被拆毁。1243年，基督徒再次占领耶路撒冷，又重建城墙。1244年，被蒙古亡国的花剌子模在逃亡途中占领耶路撒冷，教皇英诺森四世发动第七次十字军，但无法夺回耶路撒冷。1247年，花剌子模被埃及人驱逐，1260年，埃及奴隶骑兵马木鲁克夺取该城，耶路撒冷的犹太人不得不逃到周围的村庄避难。
1482年，一个来此访问的多明我会教士说耶路撒冷是一个“几个不同的民族生活在此的城市，它是所有罪恶的集合”。作为罪恶他列举了撒拉逊人、希腊人、叙利亚人、东正教徒、景教徒、亚美尼亚人、格鲁吉亚人、玛洛尼教徒、贝督因人、刺客、回教徒和“最可憎的”犹太人。只有罗马天主教徒“在他们心中盼望基督王子的到来，来将所有的国家纳入罗马教会的统治下。”
1517年，奥斯曼帝国占领耶路撒冷，他们控制该市，直到20世纪。这时，耶路撒冷重新开始繁荣，城墙和老城也被重建，城内任何宗教都可以存在，但奥斯曼帝国后来的无能统治机构使耶路撒冷的经济陷入了缓慢的衰退。
到19世纪初，耶路撒冷只有不足8000人口，但依然是一个对犹太教、基督教和伊斯兰教都很重要的城市。城市居民分四个部分：犹太人、基督徒、穆斯林和亚美尼亚人，穆斯林主要住在圣殿山附近（东北），基督徒主要住在圣墓教堂附近（西北），犹太人主要住在哭墙上方的山坡上（东南），亚美尼亚人主要住在西南。虽然这个分化并不绝对，但后来它是英国管理时期（1917年至1948年）将城市分为四个区的基础。各大宗教内部又包括了许多教派，比如圣墓教堂同时归希腊东正教、罗马天主教、亚美尼亚教会、埃及教会和埃塞俄比亚教会使用，各教派之间互相冲突，以至于圣坛的钥匙要交给一个“中立的”穆斯林家庭保管。
19世纪，耶路撒冷发生了一些对这座城市产生了长期影响的变化，它们的影响一直延伸到今天，而且是巴勒斯坦人与以色列对耶路撒冷争执的根本。首先是从沙皇俄国、东欧和中东，不断有犹太人为逃避宗教迫害而移居这里，这改变了城市内人群的分配比例。最早的移民是极端正统派的犹太人，其中有一些是老人，他们回到这里，准备死后安葬在橄榄山上；另一些是年轻的学生，他们随同家庭到这里来，等待救世主的来临。与此同时，趁着奥斯曼帝国的衰落，欧洲殖民国家开始将它们的影响伸向耶路撒冷。这也是一个基督教复苏的时期，许多基督教派派传教士来到耶路撒冷来转化穆斯林和犹太人，他们相信这可以加速耶稣再次降临人间。最后，欧洲殖民主义与宗教热诚也引起了考古学家对《圣经》中所描述的地区，尤其是对耶路撒冷发生兴趣。一些考古队做了一些很引人瞩目的发现，这就更加引起了人们对耶路撒冷的兴趣。
到18世纪60年代，耶路撒冷的面积只有1平方公里，但已经拥挤不堪。居民开始在城墙外建新城。俄罗斯东正教会在城门外建造了一幢大楼。首先开始在城外建造的当地居民是犹太人。其他人模仿他们的榜样开始在城外西部和北部建造新的居民区。最后，这些居民区不断扩大，连接到一起，成为新城。
当1917年12月11日英军占领耶路撒冷时，新城已经形成一片错综复杂的居民区群，每个居民区有一个不同的种族构成。在英国统治下，这个发展继续下去，最后，老城区演变为一个贫穷的老居民区。英国人规定耶路撒冷的建筑外表必须是沙岩做成的，来保护城市原貌。
在第一次世界大战后期的1917年，英军中东总司令艾伦比（Edmund Allenby）将军向土耳其发动总攻，取得耶路撒冷战役的胜利，占领了该市。国际联盟在1922年批准贝尔福宣言，委托英国托管巴勒斯坦，并帮助在该地区建立一个犹太国家。托管时期该市西部和北部建起了新的花园郊区并且建立了高等教育机构，如希伯来大学创建于1925年。
耶路撒冷巴以纷争
犹太移民增加，以色列和阿拉伯人的冲突也逐渐升级。
1939年二战前夕，英国公布【巴勒斯坦白皮书】停止犹太人的移民，限制犹太人购买阿拉伯人土地，准备把巴勒斯坦逐步移交给一个阿拉伯人占多数的当地政府，犹太人可在该政府管辖下高度自治。战后，德国集中营解放的几十万犹太囚徒偷渡到巴勒斯坦，压力增加，英国未妥善处理阿以矛盾，且拒绝接受犹太人大屠杀幸存者。该举动遭到国际舆论的一致谴责，并促使犹太人针对英国暴力活动迅速升级。
1947年2月15日，英国宣布巴勒斯坦问题交联合国处理。在进行调查以后，11月29日联合国大会辩论巴勒斯坦问题，以33票对13票通过分立建国方案，对于耶路撒冷，则计划成立一个联合国管理下的特别国际政权，不属于犹太人国家也不属于阿拉伯人国家的一部分。不过，这个计划未实现。
1947年11月29日，第二届联大通过巴勒斯坦分治第181号决议，规定耶路撒冷市为国际城市，联合国管辖，归属待定。
1948年5月14日以色列宣布建国，第一次中东战争爆发。战争结束，耶路撒冷西被新成立以色列国占领，东耶路撒冷（包括老城和西岸）被外约旦（今约旦）占领。除英国、巴勒斯坦，其他国家都没有承认约旦对耶路撒冷东部和西岸的占领。
1949年，以色列和约旦签订停战协定，划定的停火线穿过耶路撒冷的市中心。此后直到1967年，东西耶路撒冷分别属于约旦和以色列。
1950年，以色列定都西耶路撒冷。
1967年六日战争，以色列吞并耶路撒冷东部，立刻开始将整个城市规入以色列的控制。占领6.4平方千米的原约旦的耶路撒冷和64平方千米的西岸并将这块地方改名为“东耶路撒冷”。被占领地区的居民假如自动放弃他们的约旦国籍的话可以获得以色列国籍，多数人没有接受。
1967年和1973年联合国安理会分别通过的242号和338号决议，要求以色列撤出包括耶路撒冷在内的所占领土，但以色列置若罔闻。
1980年以色列国会制定《基本法：耶路撒冷—以色列的首都》，确定耶路撒冷是以色列“永远的和不可分割的首都”，未得到国家承认。巴勒斯坦自治政府也宣布耶路撒冷将成为未来巴勒斯坦国不可分割的首都，遭到阿拉伯国家的谴责。
1984年，伊斯兰会议耶路撒冷委员会特别会议决定5月18日为耶路撒冷日，以抗议以色列的占领。
1988年11月，在阿尔及尔举行的巴勒斯坦全国委员会第19次特别会议宣布成立巴勒斯坦国，定都耶路撒冷，并得到世界上多数国家的承认。
1988年，巴勒斯坦国宣告成立，包括中国近100个国家承认。在耶路撒冷的一幅阿拉法特画像前用阿拉伯语和希伯来语写道：“耶路撒冷，不得到你，我的梦想将不会完整！”。
耶路撒冷问题是中东和平进程中最复杂和最敏感的问题之一。根据巴勒斯坦和以色列1993年在挪威首都奥斯陆达成的原则宣言，双方将在和谈的最后阶段，即1996年5月以后对耶路撒冷的地位问题举行谈判。在此之前，双方均不得采取改变人口结构等措施以改变圣城现状。然而以色列自1980年5月单方面宣布耶城为其永久首都以来，多次征用圣城土地，兴建犹太人定居点，企图通过征地计划在解决耶路撒冷问题之前造成耶路撒冷犹太化的既成事实。
1995年4月28日，以色列政府决定征用53公顷巴勒斯坦人的土地，这是15年以来在耶路撒冷东区规模最大的征地活动。此举遭到阿拉伯国家的强烈反对。
以色列领导人还多次宣称耶路撒冷做为其首都的地位不可改变。
1995年1月30日，以色列外长佩雷斯称“耶路撒冷是以色列永久的首都，以色列建国前从未有过一个巴勒斯坦国。”耶路撒冷是以色列“统一的、唯一的和永久的首都”，针对以色列的强硬立场，巴勒斯坦方面也重申巴勒斯坦人对耶路撒冷拥有主权。
耶路撒冷的最终地位问题一直是影响阿以和平进程能否继续向前发展的关键问题之一，它的最终解决还需要经历一个艰难的过程。
耶路撒冷地位之争
由于耶路撒冷对于犹太人、穆斯林和基督徒均具有特殊的重要意义，其地位问题仍然悬而未决。
前10世纪，大卫王在耶路撒冷建都，所罗门在该城建造圣殿。此后，耶路撒冷一直是犹太民族的精神中心，民族身份的象征犹太人无论流散到何处，礼拜时总是面向耶路撒冷。在旧约圣经中，耶路撒冷被提到过700多次。长期以来，耶路撒冷对于犹太人的向心作用，和犹太人对这座城市的迷恋程度是如此之强，以至于无法想象一个没有耶路撒冷的以色列国。
自从7世纪起到1917年，伊斯兰教的阿拉伯帝国和奥斯曼帝国先后主宰耶路撒冷长达1000多年。作为穆罕默德夜行登霄的地点，耶路撒冷被数以亿计的逊尼派穆斯林认为是第三圣地。耶路撒冷最显著的建筑物，就是圣殿山上的2座清真寺——圆顶清真寺（Dome of the Lock）和阿克萨清真寺。穆斯林国家很久就已经将耶路撒冷看成是一个具有特别的宗教和历史意义的城市，绝不愿意放弃。阿拉法特甚至对美国总统克林顿说到，如果他在东耶路撒冷问题上同以色列妥协，他担心自己会遭到暗杀。
在以色列国成立以前，耶路撒冷是英属巴勒斯坦托管地（包括今天的以色列和约旦）的首府。英国托管政府在处理犹太移民的问题上引起诸多争议，最终被迫将巴勒斯坦问题移交给联合国处理。
1948年底一次以阿战争后，耶路撒冷被以色列和约旦分割，西耶路撒冷成为以色列首都，东耶路撒冷被约旦占领。
1967年以后，全部耶路撒冷都处于以色列控制之下。
东耶路撒冷的巴勒斯坦人的地位尚不确定。按照以色列法律，住在东耶路撒冷的巴勒斯坦人如果放弃原有的约旦国籍，将自动获得以色列国籍；但大多数巴勒斯坦人拒绝接受以色列国籍（因为他们认为这就是承认以色列的占领），因此只拥有永久居住权。他们可以在以色列自由行动，但假如他们移出以色列（比如搬到巴勒斯坦地区），他们将失去这个权利，不得再移回。因此他们无法访问住在巴勒斯坦地区的亲友，即使那些亲友就住在几千米外的西岸。另一个有争议的事情是以色列占领东耶路撒冷前没有在人口普查中记录到的家庭成员的地位。假如他们要回到东耶路撒冷与他们的家庭团聚的话，他们必须得到以色列内政部的批准。巴勒斯坦人抱怨说以色列当局任意拒绝申请，因为他们想限制东耶路撒冷的巴勒斯坦人口，以色列当局说他们对待巴勒斯坦人是公正的。这些争议也是巴勒斯坦和以色列人权组织经常批评的地方。
1980年，以色列立法确定耶路撒冷是其永久不可分割的首都。而巴勒斯坦民族权力机构也声称未来巴勒斯坦国的首都将设在东耶路撒冷，巴勒斯坦在该市最醒目的正式存在是东方大厦，20世纪末巴勒斯坦解放组织的总部。
将耶路撒冷作为一座国际城市的建议是基督教人士提出的，基督徒在耶路撒冷是人数最少的，但对他们来说，耶路撒冷也是一座圣城。这个建议也得到了教皇的支持。
受支持最多的是将耶路撒冷分割开来，以色列获得城市的犹太区以及哭墙，老城的其他部分和圣殿山规一个新建立的巴勒斯坦国家。一些以色列人反对任何基于文化、历史或宗教分界的分割。另一些以色列人认为对犹太人、基督徒和穆斯林都重要的老城可以成为一座多边控制的国际城市。巴勒斯坦人支持耶路撒冷作为一座自由城市，但是这个支持的可靠性受到怀疑，许多阿拉伯人控制区内的犹太建筑被破坏，比如不久前纳布卢斯的约瑟墓。国际组织如联合国无法保障阿拉伯人不破坏这些地方以及为朝圣者提供人身安全和自由。
根据奥斯陆协议，耶路撒冷的最终地位将由和平谈判决定。
