阿里古为藏族地区早期的“十三小邦”之一，汉族史籍称为“羊同”。羊同经过逐步发展，在约公元4-5世纪建立了象雄王国，鼎盛时将地域划分为内中外三部，内象雄大体为今阿里地区所辖范围。
古格王朝在公元13世纪随西藏一起归属元朝（1206-1368），统属于元朝设立的“乌斯藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府”，元代称“纳里速古鲁孙”，阿里地区的具体事务则交由萨迦地方政权处理。
明清两朝（1368-1911）在管理西藏方面基本沿用元朝的旧制。五世达赖建立甘丹颇章政权之后，在清中央政府的扶持下，阿里地区逐步归入西藏噶厦地方政府，后又设立宗（相当于县）和管理阿里地区的总管——“阿里基巧”。明代称“俄里思”，到了清代方称“阿里”。
1951年西藏和平解放后，堆里嘎本驻噶大克（即噶尔雅沙）。辖布达巴、日土、噶大克。
1954年设阿里总管，管辖仲巴洛强、普兰宗、札布让宗、达巴宗、日土宗、噶大克等宗溪。
1960年设阿里专区，专署驻噶尔昆沙。以噶尔宗设噶尔县（驻雅沙）；以日土宗设日土县；以革吉设革吉县（驻那坡）；以改则设改则县（驻隆仁，又称鲁玛仁波）；以仲巴洛强溪设仲巴县（驻札东）；以普兰宗设普兰县；以札布让与达巴2宗合并设札达县（驻托林）。辖7县。
1962年将仲巴县划归日喀则专区。辖6县。
1966年阿里专署由噶尔县迁驻噶尔县狮泉河。噶尔县由雅沙迁驻昆沙（因民主改革时在昆沙设噶尔新乡乡政府，故昆沙又称噶尔新村）。
1970年阿里专区改为阿里地区，地区驻噶尔县狮泉河。由改则县的路南4区设立措勤县（驻门董）。阿里地区辖噶尔（驻昆沙）、革吉（驻那坡）、札达（驻托林）、措勤（驻门董）、日土、改则（驻鲁玛仁波）、普兰等7县。
1979年3月7日复归西藏自治区领导。
1979年2月5日正式成立阿里地区行政公署。
1997年，地区行政公署驻狮泉河镇。辖噶尔、普兰、措勤、革吉、改则、扎达、日土7县。（以上根据《政区大典》整理）
