关于金边的起源，有这样一个传说：600多年前，在四臂湾畔住着一位妇女，人们都叫她“敦奔”，就是“奔大妈”。她生活富裕，是一位虔诚的佛教徒。1372年的一天，阴云密布，雷电交加，大雨滂沱，河水暴涨。待到雨过天晴，奔大妈到河边打水，看见一棵大戈基树在水面上盘旋。奔大妈招呼邻居，用绳索拴住大树，拖上河岸。奔大妈打水冲洗大树上的污泥时，发现树上有一个洞，里面有4尊铜铸佛像和1尊石神像。那尊神像站立着，一手握大棒，一手执法螺，头上挽着发髻。奔大妈和邻居们认为这是天赐之物，便将佛像和神像恭恭敬敬地迎回奔大妈家中，盖了一座小棚，暂时供奉起来。接着，奔大妈号召邻居们抬士把她家西面的一座小山加高，把戈基树锯成柱子，在山顶建起一座寺庙，把4尊铜佛像供在庙里，把石神像供在东山脚下的一个座位上，并请僧侣来住在西山脚下。这座寺庙，人们称之为“奔大妈山寺”(瓦普农敦奔)，如今称为塔仔山（瓦普农）。那个村庄，就称为“金边”（普农奔）。
金边市就是在这个村庄的基础上发展起来的。今天的塔仔山上建有佛塔和寺庙，上山的入口处有两个石刻的七头蛇神及怪鸟、狮子、佛像等。这里是金边市的制高点，登上山颠可以俯瞰整个金边。塔仔山脚下是一个圆形公园，公园里花木繁茂，空气清新，是人们休憩的好场所。
在柬埔寨历史上，曾经两次定都金边。1431年，由于不堪忍受暹罗（今泰国）的侵犯，高棉王国蓬黑
阿？亚特国王放弃了都城吴哥，到斯雷索秋省(今磅湛省斯雷山托县)的巴山建立王宫。巴山地势低洼，常遭洪水侵袭。因此，1434年，蓬黑阿？亚特国王离开巴山王宫，到金边建都。迁都金边后，蓬黑阿？亚特国王进行了许多建设，修筑了王宫，加高了塔仔山，建造了6座佛寺，填平了低地，开挖了运河，使金边城初具规模，为后来金边的建设奠定了基础。但由于王室的分裂，至1497年，当时的国王又迁出了金边。其后370年内，柬埔寨的首都几经变动，直到1867年，诺罗敦国王才再次迁都金边。
1863年，柬埔寨被法国侵占，1940年又被日本占领。
1945年日本投降后，法国殖民者卷土重来，再次侵入柬埔寨。为了争取独立和解放，柬埔寨人民进行了长期英勇的斗
争。在西哈努克亲王的不懈努力下，柬埔寨终于在1953年11月9日获得完全独立。为纪念这一历史性的胜利，在金边建立了高大雄伟的独立纪念碑。这一具有民族风格的建筑，巍然矗立在金边主要大街诺罗敦大道的南端，与其北端的塔仔山遥遥相对。纪念碑东西两侧，是独立广场。广场上绿草如茵，就像一块块巨大的地毯。
1970年3月18日，美国支持的朗诺集团在金边发动政变，推翻了以诺罗敦．西哈努克亲王为国家元首的柬埔寨王国政府，并于同年10月9日宣布成立“高棉共和国”。
1975年4月17日，柬埔寨共产党解放金边，1976年1月3日宣布改国名为民主柬埔寨。
1979年1月7日，越南军队占领金边，扶植起韩桑林政权，建立“柬埔寨人民共和国”。
1991年10月23日，柬埔寨问题巴黎国际会议签署柬埔寨问题全面政治解决的协定。11月中旬，柬埔寨全国最高委员会主席西哈努克亲王将返回金边，在金边建立起全国最高委员会总部。
1993年5月全国大选后，柬埔寨恢复君主立宪制和柬埔寨王国的国名，西哈努克再次聘任国王。从此，金边和柬埔寨全国一样，走上了恢复和平和发展经济的道路。
