唐武德四年属桂州始安郡。光化三年(900年)始,属静江节度。五代十国时先后属楚和南汉的桂州。宋时,前属广南西路桂州,后属静江府。元时属广西行中书省静江路。明清时均属广西省桂林府。
民国二年(1913年)雁山区划入桂林县,民国29年(1940年)为桂林市太沙、柘木、东附廓、西南附廓、三合、北附廓6乡,1950年设东郊、西郊、北郊3区,1954年3区合并为近郊区,1955年更名郊区,1984年重设郊区。
1996年底行政区划调整前,原桂林市郊区位于城区四周。
1996年12月2日,经国务院批准:将桂林市郊区更名为雁山区,并对桂林市市辖区的行政区划作相应调整。将原郊区大河乡、穿山乡的清风村划归叠彩区管辖。将原郊区甲山乡划归秀峰区管辖。将原郊区的二塘乡、柘木镇的同心、平山两个村和穿山乡的安新村划归象山区管辖。
2000年,雁山区辖2个镇、1个乡、1个民族乡。
2003年,雁山区辖1个街道、2个镇、1个乡、1个民族乡。
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