战国时秦在今盐池县置昫衍县，与乌氏县同为宁夏地区有行政设置之始。
秦始皇统一中国后，实行郡县制，昫衍属北地郡。汉初设县，名昫衍。
三国时，盐池曾先后属前赵、后赵、前秦、后秦。
公元407年匈奴铁费部赫连勃勃建立夏国，盐池为其腹地。
北魏统一北方后，置西安州，盐池属其管辖。
西魏改西安州为盐州。
北周时，盐池大部属盐州五原郡。隋废五原郡，改置盐川郡，盐池属其管辖。唐代，改盐川郡为盐州，此期间于神龙年间（公元705年或706年）在今盐池县西南部惠安堡置温池县，先后属灵州、威州。
公元553年隋称盐川郡，唐复改为盐州，北宋时期为西夏国22州之一，1443年置花马池营，1913年置盐池县。
元代，盐州并入环州。明朝正统八年（1443年）在今盐池置花马池营，成化年间再筑花马池城（今盐池县城），弘治六年（1493年）改置为花马池守御千户所，正德二年（1507年）又改为宁夏后卫。
清雍正时，废卫所改称州县，宁夏后卫改为灵州花马池分州，属甘肃省朔方道（亦称宁夏道）。
中华民国建立后于民国二年（1913年）将花马池分州改置为盐池县。此时亦将原属灵州管辖的惠安、盐积、隰宁、萌城四堡划归盐池县管辖。
1929年宁夏省建立，盐池县属其管辖。
1936年中国工农红军解放了盐池，建立了工农政权（亦称苏维埃）后改为抗日民主政权，属陕甘宁边区三边分区。此时国民党宁夏省在惠安堡建立盐池县政府，管辖当时已被红军解放不久后撤退放弃的惠安堡、萌城堡等地，形成两个盐池县并存的局面。
1947年，国民党蒋介石部进攻陕甘宁边区，宁夏马鸿逵部出兵配合，侵占了盐池县的大部分地区。因此，陕甘宁边区盐池县政府迁至县境南部山区李塬畔时，国民党宁夏省盐池县政府迁至盐池县城。
1949年8月，陕甘宁边区收复盐池（此前在1947年7月曾恢复过一次，时仅月余又撤退）。盐池县政府由山区返回县城。
1949年9月，宁夏全省解放，中华人民共和国成立，陕甘宁边区撤销，并存13年之久的两个盐池县的局面结束。 1951年，宁夏省撤销并入甘肃省，盐池县属甘肃省河东回族自治区。
1955年河东回族自治区改为吴忠回族自治州，盐池县属该州。
1958年，宁夏回族自治区成立，盐池县直属自治区。
1972年银南地区成立，盐池县属银南地区。
1998年银南地区改为地级吴忠市。
