按照个案分析的原则，根据需要，目前在食品安全评价中所使用的动物试验都可用于转基因产品食用安全评价，最常用的有急性经口毒性试验、亚慢性毒理学试验、过敏性动物试验等。急性经口毒性试验可选择大、小鼠的急性经口毒性试验，主要是针对转基因表达的目标物质（通常是蛋白质），按剂量分组，短时间内经口灌胃给予目标物质，在高剂量组尽可能给予更多的目标物质，观察受试物对大、小鼠是否有急性毒性作用，同时可以得到最低有作用水平或最大无作用水平，为风险性分析中的暴露量计算提供依据。 在食品安全评价中，通常还要考虑到安全系数（不确定系数）。将动物实验的结果外推到人体一般都采用100为安全系数，其中个体间的差异为10，种属间的差异也为10。以转基因抗虫水稻为例，其转基因表达的目标物质是抗虫蛋白，用抗虫蛋白进行大鼠的急性经口毒性试验，得到抗虫蛋白的最大无作用水平为每公斤体重5克，从成分分析得到每公斤转基因抗虫水稻含有2.5毫克抗虫蛋白，按50公斤体重者每天食用1公斤大米计算，其安全系数为100000。 亚慢性毒理学试验可以反映出转基因食品对于生物体的中长期营养与毒理学作用，因此是转基因食品食用安全性评价工作的重要评价手段之一。通常选择90天大鼠喂养试验。在评价方法上，在不影响动物膳食营养平衡的前提下，按照一定比例（通常设高、中、低三个剂量组）将转基因食品掺入到动物饲料中，让动物自由摄食，喂养90天时间。将转基因食品与非转基因食品及正常动物饲料组的各项指标进行比较，观察转入基因是否对大鼠产生了不良的营养学与毒理学作用。 过敏性动物试验主要是利用豚鼠等敏感动物建立鼻炎、哮喘等模型，通过与阴性和阳性对照物比较，来研究转基因产品等待测物的过敏原性即潜在的致敏性。通过采用统计学检验不同动物分组之间的差别，来判断转基因产品等待测物的过敏原性的有无与高低。
