公元10世纪，波利尼西亚人来此定居。1840年，英国同当地毛利人族长签订《怀唐伊条约》后，大批英国移
民来到这里。最初，英国人称该地为“不列颠利亚”，意思是“英国的地方”，以后逐步扩建城镇。
1815年以在滑铁卢战役中战胜拿破仑的英国名将惠灵顿公爵的名字为该市命名。公爵的头衔来自英国的萨默塞特郡（Somerset）小镇Wellington。“惠灵顿”原意为神圣的林间空地。
在毛利语中，惠灵顿有三个名字。Te Whanganui-a-Tara源自惠灵顿港（Wellington Harbour），意为“Tara的伟大港口”（the great harbour of Tara）。
Pōneke音译自“Port Nick”，是“ Port Nicholson ”（惠灵顿市中心的毛利族会社）的简写（但也有团体和毛利族战舞中说是冒充一个部落的名字Ngāti Pōneke）。
Te Upoko-o-te-Ika-a-Māui意为“The Head of the Fish of Māui”（Māui鱼的头，经常简写为Te Upoko-o-te-Ika）。这是一个更加传统的名字，源于传说北岛是被毛利人信奉的神Māui Tikitiki-a-Taranga钓起）。
惠灵顿发展
新西兰沦为英国殖民地后，一度把奥克兰定为首都，但新西兰南岛居民认为奥克兰远在北岛北部不宜作为首都，几经争议，终于在1865年选定了惠灵顿为首都。
1864年惠灵顿取代奥克兰成为新西兰的首都。虽然新西兰议会1862年7月7日就已经在惠灵顿成立了，但一直到1864年它才正式成为首都。这一步的原因是因为当时有人担心产金的南方可能成立一个独立的殖民地。由澳大利亚来的委员们（他们因为他们的中立性而被选择）建议惠灵顿为首都，因为它地处中心和有良好的海港。1865年7月26日正式成为新西兰的首都。当时惠灵顿的人口为4900人。
1865年，新西兰首都从奥克兰迁到这里。
1886年惠灵顿正式成为一座城市。
惠灵顿是世界上第一个草拟国家福利事业的首都，是最积极鼓励成立民族自治政府的城市，是全国政治、工业、金融的中心，是仅次于奥克兰的第二大港、欧亚远洋船只的补给站，也是最大的客运港。市区东南端有填海移山建成的现代化航空港。新西兰的鲜花常从这里运往国外。
惠灵顿是世界电缆线最多的国家中电缆线最多的城市，惠灵顿有世界最快和最大的光纤电缆线路之一，为市中心商业区提供高速数据转换和网络进入。
2015年7月25日，惠灵顿在议会广场举行3D灯光秀，庆祝惠灵顿成为新西兰首都150周年。从25日至26日，惠灵顿市包括议会建筑、国家图书馆等在内的30多处政府建筑免费向公众开放参观，并在市区开通特别公交线路供居民免费乘坐。
