历史上的摩尼教即明教，也叫未尼教、明尊教、是波斯人摩尼在公元3世纪所创立，当时大约相当于中国的魏晋时期。唐代摩尼教传入中国，以后逐渐发展起来。摩尼教教义的核心，是说在世界的一开始，就有光明和黑暗两个王国并存着，光明占据北、东、西三方，黑暗占据南方。在光明王国里，光明、善美、和平、秩序、洁净，摩尼教经典《下部赞》“叹明界文”说：光明普遍皆清净，常乐寂灭无动诅；彼受欢乐无烦恼，若言有苦无是处。
常受快乐光明中，若言有病无是处。
如有得住彼国者，究竟普会无忧愁。
处所庄严皆清净，诸恶不净彼元无；快乐充遍常宽泰，言有相陵无是处。
光明王国的统治者，波斯称为察宛（意为永恒），东土称为明父、大明尊。黑暗王国到处充满烟火、闷气、飓风、污泥、毒水，由黑暗魔王统治，住着五类魔，整天沉溺在情欲和争吵之中。光明和黑暗数次大战，黑暗魔王使恶魔生下了人类的祖先。因为人类是黑暗之魔的子孙，大明尊便派遣光明使者，用光明分子来拯救人类的灵魂。
到了宋代，摩尼教被意译为“明教”，教义被简明地归纳为“清净、光明、大力、智慧”八个字。教众中有农民、秀才、吏员、兵卒、绿林好汉、江洋大盗、武林俊彦等。教徒白衣乌帽，秘密结社，共同尊奉明使为教内尊神。、当时因为处于秘密状态，教名也有了多种别称，除浙江称摩尼教、福建称明教外，据陆游《渭南文集》卷五《条对状》，淮南称二桧子，江东称四果，江西称金刚禅，福建又称揭谛斋等。
明教在宋元时期进一步和中国本上文化结合起来，成为下层人民和江湖对抗朝廷的秘密斗争形式，由于明教长期受到朝廷压抑，行事极为诡秘，有时也为江湖“白道”所误解，比一般的江湖面临着更大的压力，因此反抗朝廷也更坚决，在历史上几次掀起大的波澜。第一次是北宋未年，方腊利用摩尼教组织群众，举行了声势浩大的起义，震动东南半壁河山。第二次是南宋以后，明教和白莲教相联结，在元末农民战争中充当了重要角色。元末农民大起义中的红中军，多白莲教徒，首领韩林儿又称“小明王”，这个“明”又与明教有关。后来的明大祖朱元璋，当时也是白莲教和明教中人。只是他。取得大权以后，因为深知秘密教派的厉害，逐渐与两教不大和睦。等到他当上皇帝，便采纳李善长的建议，下诏严禁白莲社、明尊教，并把取缔“左道邪术”写进《明律》十一《礼律》，用法律形式固定下来。其后，白莲教以各种支派的形式变换名目继续得到发展，明教却逐渐衰落了。在武侠小说中，由于金庸的武侠名著《倚天屠龙记》写到明教，使明教蜚声一时，成为侠的文化形式中秘密教派的一个典型。
金庸笔下的明教，先是被人称为“魔教”，因为他们长期受到朝廷压抑，行事不免诡秘，江湖中人对其知之甚少，故视之为“魔”；因为他们的志向是在行善去恶，拯救世人，坚决对抗朝廷，和一般江湖门派梦寐以求的首先是称雄江湖、对朝廷主要是不合作的态度不同，他们的志趣、行为自然与一般江湖有异，故被视之为“魔”；又因他们久受压抑，行事不免乖张，气氛不免神秘，与一般江湖格格不入，甚至多造杀孽、多有得罪，故被视之为“魔”；再加上朝廷和有些坏人从中挑唆、破坏；再加上教内高手如云，惹得江湖中人心中嫉妒（如峨眉灭绝师大使有此嫌疑）等等；他们的名声便完全被江湖中人传坏了。所以，明教随即遭到了江湖六大“名门正派”——少林、武当、峨眉、华山、昆仑、崆峒的围攻。直到这时，明教总坛光明顶高手尽皆遭成昆暗算负伤，无力抵抗，面临毁灭之时，人们才逐渐开始认识到明教的真面目。金庸在这里有一段很精彩的描写：当此之际，明教和天鹰教教众俱知今日大数己尽，众教徒一齐挣扎爬起，除了身受重伤无法动弹者之外，各人盘膝而坐，双手十指张开，举在胸前，作火焰飞腾之状，跟着杨逍念诵明教的经文：“焚我残躯，熊熊圣火。生亦何欢，死亦何苦？为善除恶，惟光明故，喜乐悲愁，皆归尘土。怜我世人，忧患实多！怜我世人，忧患实多！”
明教自杨逍、韦一笑、说不得诸人以下，天鹰教自李天垣以下，直至厨工仗役，个个神态庄严，丝毫不以身死教灭为惧。
空智大师合十道：“善哉！善哉！”
俞莲舟心道：“这几句经文，想是他魔教教众每当身死之前所诵的了。他们不念自己身死，却在怜悯众人多忧多患，那实在是大仁大勇的胸襟啊。当年创设明教之人，真是个了不起的人物。只可惜传到后世，反而变成了为非作歹的渊蔽。”
这样，金庸笔下的明教，既有明显的魔性，行为、信仰都与中原武林各大门派的华夏中心传统意识大为不同，在各派的围剿中不免出手狠辣，行事乖张诡秘，多造杀孽；同时他们也有明显的合理性，比如对理想世界光明前景的追求，抗元的坚决性，自身求生存、求发展的权利等。或者说，所谓“魔性”，只是因为个另！丧，乙病狂、处，乙积虑的人，才引起一场江湖武林中的浩劫。在许多武侠小说里，这种“魔性”在魔教里似乎代代相传，这其实也是片面的看法，张无忌作了明教教主，仍是性情中人；光明左、右使杨逍、范遥，岂不正意味着自由、逍遥？“魔”并不是一成不变的，在不同的人看来有不同的含义和倾向，这形成了历史与小说相结合的神秘教派的复杂性。
顺便再说到金庸所写明教的组织机构，也深受秘密教派的启发。总教中神的象征是一位圣处女，中土明教教首为教主，他必须学会独门心法乾坤大挪移，也只有他才可以学这套武功。协助教主的是光明左使杨逍、光明右使范遥，再往下是四**王“紫白金青”：紫衫龙王黛绮丝、白眉鹰王殷天正、金毛狮王谢逊。青翼蝠王韦一笑；再下有五散人。总坛的武装为五行旗使率领的五行旗，各地有分坛。像这种组织形式，便跟八卦教等武场秘密教派很相似。
最后，我们说完了秘密教派的风雨历程，无论是文场或武场教门，还是明教一类的形式，宋代以来，秘密教派在中国农民中很有市场，尤其是在北方。固定于一处的，形成了强大的地方势力；散布各地的，形成了相互呼应纵横天下的格局。是江湖上的“立强于世”者。
秘密教派大多数被朝廷列为“邪教”；在老老实实的顺民心中，则是极其神秘的“魔教”；在所谓“名门正派”的眼里，他们是“外道”，因为他们要宣扬现在世界的苦难，要拯救众生，不免以武犯禁，不免人在江湖，于是有血火刀光，“走不尽天涯路，在风云之中你追我逐”；他们也曾有一番轰烈的抱负，于是“每个人也自称英雄”。苍茫大地，演出着一幕幕惊心动魄而身不由己的江湖曲。
