建县后属歙州。宋宣和三年(1121),改歙州为徽州,祁门县属徽州。元至元十四年(1277)升徽州为路,祁门县属徽州路。元至正十七年(1357),改徽州路为兴安府,祁门县属兴安府。至正二十四年(1364)改兴安府为徽州府,祁门县属徽州府。
民国元年(1912)废府存县,祁门县直属省辖。
民国3年,祁门县属芜湖道,民国17年废道,祁门县复由省直辖。
民国20年施行首席县长制,徽州首席县长驻歙县,兼管祁门。
民国21年,祁门县属安徽省第十行政督察区。
民国29年8月,祁门县属皖南行署第七行政督察区。
民国34年撤销皖南行署,祁门县属安徽省第七行政督察区。
1949年祁门解放,5月属徽州专区。
1956年1月徽州专区撤销,祁门县改属芜湖专区。
1961年4月重设徽州专区,祁门县复属徽州专区。
1971年3月改专区为地区,祁门县属徽州地区。
1988年元月,徽州地区撤销,新置黄山市,祁门县隶属黄山市。
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