公元3－7世纪建立了一些分散的封建王国。有记载的的朝代包括信奉佛教的室利佛逝（7世纪中叶～1293年）
，后被麻喏巴歇征服；控制马六甲海峡的新柯沙里王国（1222～1292年）
，引发了元爪战争，之后王室借助元朝军队在爪哇建立了印尼历史上最强大的麻喏巴歇封建帝国（1293～1478年）。
15世纪，葡萄牙、西班牙和英国先后侵入。1596年荷兰侵入，1602年成立具有政府职权的“东印度公司”，1799年底改设殖民政府。
1942年日本占领印尼，1945年日本投降后，印尼爆发八月革命，1945年8月17日宣布独立，成立印度尼西亚共和国。
印度尼西亚独立后，先后武装抵抗英国、荷兰的入侵，发动了三次独立战争。
1947年后，荷兰与印尼经过多次战争和协商，于1949年11月签订印荷《圆桌会议协定》。根据此协定，印尼于同年12月27日成立联邦共和国，参加荷印联邦。
1950年8月印尼联邦议院通过临时宪法，正式宣布成立印度尼西亚共和国，同一年印尼成为联合国第60个成员国。
1954年8月脱离荷印联邦。
1967年，印尼与马来西亚、菲律宾、新加坡和泰国成立了 “东南亚国家联盟”（ASEAN，简称“东盟”），东盟已经拥有10个成员国，印尼是最具影响力的成员之一。
1997年亚洲金融危机对印尼造成全面冲击，引起局势动荡。
1998年5月，执政长达32年的苏哈托总统辞职，副总统哈比比接任总统。
1999年10月，印尼人民协商会议（简称人协）选举瓦希德为总统，梅加瓦蒂为副总统。2001年7月23日，人协特别会议以渎职罪罢免瓦希德总统职务，梅加瓦蒂接任总统，哈姆扎·哈兹任副总统。
2004年7月，印尼举行历史上首次总统直选，原政治安全统筹部长苏西洛和人民福利统筹部长尤素夫·卡拉（Muhammad Jusuf Kalla）通过两轮直选胜出，2004年10月20日宣誓就任总统和副总统。
2005年8月，印尼政府与“亚齐独立运动”分离组织达成和平协议。2006年7月，印尼国会通过亚齐管理法。2006年12月，亚齐举行地方选举，前“亚独运动”领导人伊尔万迪·尤素夫（Irwandi Yusuf）和穆罕默德·纳扎尔（Muhammad Nazar）当选省长和副省长。2012年4月，前“亚齐独立军”领导人宰尼·阿卜杜拉（Zaini Abdullah）和穆扎基尔·马纳夫（Muzakir Manaf）当选省长和副省长，任期至2017年。
2006年7月，印尼国会通过新《国籍法》，取消部分带有种族歧视和性别歧视的内容。2008年10月，印尼国会通过《消除种族歧视法》。
废除支那称呼
2014年3月，印尼总统苏西洛签署2014年第12号总统决定书，正式废除1967年第6号通告，把“支那”(cina)改称“中华”。
1967年第6号通告是印尼前总统苏哈托时代的产物，包含对中国与华人的国格和人格的歧视与侮辱。当地华人表示，40多年来对中国和华人的歧视称呼将一去不复返了，这是印尼民主政治进步的体现。
