南北朝北周建德六年(577)置秭归郡,避郡县同名而改秭归为长宁县。
隋开皇三年(583)罢天下诸郡,改长宁为秭归。
唐武德二年(619)置归州,天宝元年(742)改置巴东郡,治秭归。乾元元年(758)复置归州。
宋时仍名归州。
元至元十四年(1277)升为归州路,十六年(1279)降为州。
明洪武九年(1376)废归州置秭归县,隶夷陵州。十年(1377)再改秭归为长宁县,十三年(1380)裁长宁县复置归州。
清雍正七年(1729)置归州为直隶州,隶属湖北省。雍正十三年(1735)升夷陵州为宜昌府,归州直隶州降为县级州,属宜昌府,不再辖县。
中华民国元年(1912年)改为秭归县。
隶属荆南道。
民国11年(1922),隶属荆宜道。
民国21年(1932),隶属第九行政督察区。
民国25年(1936),隶属第六行政督察区。
中华人民共和国建立后仍名秭归县,1949年~1991年,先后隶属宜昌行政区专员公署、宜都工业区行政公署、宜昌专员公署、宜昌地区革命委员会、宜昌地区行政公署。
1992年,宜昌地区行政公署和宜昌市人民政府合并,成立宜昌市人民政府,秭归县隶属宜昌市。