工业化和城市化进程 中国处于工业化和城市化快速推进的时期，在这个进程中，生物多样性受到了很大的压力。过度垦荒、垦殖、超载放牧造成许多野生动植物栖息地日趋萎缩。兴修水利和建闸筑坝造成湖泊、江河的隔断，鱼类洄游通道与种群交流被割断。铁路和公路建设使野生动植物栖息环境破碎化，种群繁衍面临直接威胁。工业废物和生活垃圾的大量排放，农药和化肥的大量施用，破坏了生物物种及其栖息环境，导致许多种类绝迹或种群数量减少。 资源的不合理利用 对野生动植物资源进行过度乃至掠夺式开发是造成生物多样性丧失的主要原因之一。中国虽然人工林或次生林面积近期大幅增加，但由于历史上森林资源的过度开发，导致大量野生生物栖息地消失。渔业资源过度捕捞现象仍十分突出，导致鱼类资源急速下降和优势鱼种快速小型化。 种植和养殖品种单一化 随着新品种的开发和广泛使用，栽培的作物集中在少数几个品种，单一品种的推广面积大幅度提高，而许多拥有重要基因资源的传统品种遭到淘汰，甚至永远消失。单一树种的人工纯林不断发展，导致本地乡土树种丧失和生物多样性减少，森林受病虫害影响也日益严重。 外来物种入侵 中国复杂的气候和生态系统，使得外来物种极易找到适宜的生态环境。世界自然保护联盟公布的100种恶性外来入侵物种中已有一半以上入侵中国。目前中国已记录的外来入侵物种达400多种，外来入侵物种造成的经济和环境损失高达每年1198.76亿元。 气候变化 根据2008年10月29日发布的《中国应对气候变化的政策与行动》白皮书，中国近百年来（1908～2007年）地表平均气温升高了1.1℃。越来越多的证据表明，温度升高、降水格局变化及其他气候极端事件，已经对生态系统和生物多样性造成了影响。例如在长白山自然保护区，过去的40几年间，优势种在逐渐减少，阔叶林在逐渐增加，演替阶段的物种交替向更高纬度转移。
